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第四章 DNA与蛋白质序列分析 第四章 DNA与蛋白质序列分析 生物信息学 Bioinformatics 回顾 相似性 一致性 第2节 同源性 序列比对 Blast 的应用 滑动窗口技术 空位罚分 打分矩阵 （PAM/Blosum) Blast简介 主要的blast程序 BLAST 是由美国国立生物技术信息 程序名 查询序列 数据库 有哪些信誉好的足球投注网站方法 中心 （NCBI ） Blastn 核酸 核酸 核酸序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一蛋白质数据库中的序 开发的一个基于序列相似性的数据库搜 列 索程序。 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白 质数据库中的序列逐一有哪些信誉好的足球投注网站。 BLAST是“局部相似性基本查询工 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6 框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 具”(Basic Local Alignment Search TBlastx 核酸 核酸 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核 酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋 Tool)的缩写。 白质序列逐一进行比对。 1 Blast genome database Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是 对各对氨基酸残基 （或碱基）打分求和的结果，一般来 说，匹配片段越长、相似性越高则Score值越大。 E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基 （或 碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的 概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值 的可能性越低。 E=0表示不可能随机配对。而是真实的 。 BLAST检索中采用的数据库类别： BLAST检索中采用的数据库类别： 蛋白数据库： 核酸数据库： nr: 无冗余数据库，汇集了GenBank中所有的蛋白序列 nr/nt: 无冗余数据库，汇集了GenBank+DDBJ+EMBL中所有 +PDB+Swissprot+PIR等汇集； 的核甘酸序列 （不包括EST) Swissprot, EST_human Pat, 专利