生物信息学——中译本.pdf

生物信息学（中译本） 生物信息学（中译本） /unit/fsc/jiaocheng/sheng2.htm（第 1／262 页）2006-3-1 16:37:40 生物信息学（中译本） 目录 译者序 编者序 1. 因特网与生物学家 1.1因特网基础 1.2 与因特网连接 1.3 电子邮件 1.4 文件传输协议 1.5 GOPHER 1.6 万维网 参考文献 2. GenBank序列数据库 2.1 简介 2.2 一级和二级数据库 2.3 格式与内容：计算机与人 2.4 数据库 2.5 剖析GenBank Flatfile 2.6 小结 参考文献 附录：数据库文件格式 附录2.1 GenBank ( DDBS)记录例子 /unit/fsc/jiaocheng/sheng2.htm（第 2／262 页）2006-3-1 16:37:40 生物信息学（中译本） 附录2.2 一个ASN.1记录例子 附录2.3 一个EMBL记录例子 附录2.4 一个GenBank浏览文件 3. 结构数据库 3.1 简介 3.2 PDB ：Brookhaven 国家实验室蛋白质数据库 3.3 MMDB ：NCBI 的分子建模数据库 3.4 结构文件格式 3.5 结构信息显示 3.6 数据库结构浏览器 参考文献 专题论文 4. 应用GCG进行序列分析 4.1 简介 4.2 Wisconsin软件包 4.3 Wisconsin使用的数据库 4.4 SeqLab环境 4.5 用操作和Wisconsin程序分析序列 4.6 观察输出 4.7 监视程序执行过程并解决问题 4.8 给序列加注释并在SeqLab Editor中图形化显示注释 4.9 在SeqLab Editor中保存序列 4.10 在SeqLab中可以实现的分析实例 4.11 引入非Wisconsin组件的程序扩展SeqLab 参考文献 附录 5. 生物数据库的信息检索 5.1 检索数据库条目：检索服务器(Retrieve 服务器) 5.2 集成信息检索：ENTREZ系统 5.3 集成的信息访问：查询服务器 5.4 NCBI之外的序列数据库 5.5 医学数据库 参考文献 6. NCBI数据模型 /unit/fsc/jiaocheng/sheng2.htm（第 3／262 页）2006-3-1 16:37:40 生物信息学（中译本） 6.1 简介 6.2 出版物 6.3 SEQIDS：名称中包含了什么？ 6.4 BIOSEQ：生物序列 6.5 BIOSEQSETS：序列集合 6.6 Seq-annot:序列的注释属性 6.7 SEQ- DESCR: 序列的描述 6.8 模型的使用 6.9 结论 参考文献 7. 序列比对和数据库有哪些信誉好的足球投注网站 7.1 引言 7.2 序列比对的进化基础 7.3 蛋白质的模块性质 7.4 最佳比对方法 7.5 取代分和空位处罚 7.6 比对的统计学显著性 7.7数据库中的相似性有哪些信誉好的足球投注网站 7.8 FASTA 7.9 BLAST 7.10 低复杂度区域 7.11 重复元件 7.12小结 参考文献 8. 多序列比对的实际应用 8.1 渐进比对方法 8.2 模体和样式 8.3 演示方法 参考文献 9. 系统发育分析 9.1 系统发育模型的组成 9.2系统发育数据分析：比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估 9.3 建立数据模型（比对） /unit/fsc/jiaocheng/sheng2.htm（第 4／262 页）2006-3-1 16:37:40 生物信息学（中译本） 9.4 决定取代模型 9.5 建树方法 9.6 进化树有哪些信誉好的足球投注网站 9.7 确定树根 9.8 评估进化树和数据 9.9 系统发育软件 9.10 一些简单的实际的考虑 9.11 第九章所涉及到的因特网资源： 致谢 参考文献 10.利用核酸序列的预测方法 10.1 框架 1