蛋白抗原表位预测算法及多肽抗原设计原则.pdf

www.DetaiB 蛋白抗原表位预测算法 及多肽抗原设计原则 概述 为了获取识别天然蛋白的抗体，有两种方式可以选择。一种是利用重组蛋白的方式获取尽可能接近天然条件下 的重组蛋白，然后刺激试验动物免疫系统，进而获取相应抗体。这种方式获取抗体的成功率较高且效价较好；另一 种是预测天然蛋白的抗原决定簇，这种抗原决定簇最终体现为多肽形式，将其与相应的载体偶联后刺激试验动物免 疫系统，也可以获取相应的抗体。这种方式的选择有其特殊需要。我们德泰生物科技南京有限公司提供这两种类型 的抗体定制服务。 什么是抗原决定簇 蛋白质表面部分可以使免疫系统产生抗体的区域叫抗原决定簇。一般抗原决定簇是由 6－12 氨基酸或碳水基 团组成，它可以是由连续序列（蛋白质一级结构）组成或由不连续的蛋白质三维结构组成。 蛋白抗原表位预测方法 目前蛋白质抗原表位预测的方法大致可以分为两类，一类是基于蛋白质高级结构预测，像beta-转角、膜蛋白 跨膜区预测等；一种是基于氨基酸的统计学倾向性，像亲水性（hydrophilicity）、弹性（flexibility）、表面可接 触性 （surfaceaccessibility）、抗原倾向性 （antigenicpropensity）。具体算法请参考相关文献，部分文献如下： 1) Chou, FasmanAdv EnzymolRelatAreas MolBiol. 1978;47:45-148. 2) Hopp,T.P. andWoods, K.R.(1981) Proc.Natl.Acad. Sci. USA 78,3824-3828. 3) Welling, G.W.,Weijer,W.J.,van derZee, R.andWelling-Wester, S.(1985) FEBS Lett. 188,215-218. 4) KarplusPA,Schul GE. Naturwissenschafren 1985;72:212-3. 5) EminiEA,HughesJV,J Virol. 1985Sep;55(3):836-9. 6) Parker,J.M.R., Guo, D.and Hodges,R.S.(1986) Biochemistry25, 5425-5432. 7) Schmidt,A.M. (1989) Biotect.Adv. 7, 187-213. 8) A.S. Kolaskarand PrasadC.Tongaonkar (1990) FEBS09210 9) K.HofmannW. Stoffel(1993) 10)Paul Horton, Keun-Joon Park,Takeshi Obayashi Kenta Nakai, Proceedingsof the 4thAnnual Asia PacificBioinformaticsConference,Taiwan. pp.39-48,2006. 11)Jens Erik PontoppidanLarsen,Ole Lundand MortenNielsen.ImmunomeRes.2006 重组蛋白定制——单克隆抗体定制——基因合成——多肽合成——蛋白分析鉴定 www.DetaiB 选择多肽抗原的方法 不同算法预测出的候选多肽序列有所不同，需要综合考虑各种预测方法，同时结合实际应用进行最终选择。 最终选择的多肽序列一般在 15-20个碱基。单个抗原决定簇一般包含5-8个碱基，那么 15-20个碱基的多肽一般 会包含 1个或更多个抗原决定簇。相对长一些的多肽段能够更好的保持和天然蛋白的一致性，更容易产生抗体。 由于多肽是采用化学方法合成出来的，我们也要考虑到多肽合成的难度及其良好的可溶性。 我们一般会选择亲水区的多肽，其可溶性一般没太大问题，但是这些区域也会包含疏水性的碱基（如亮氨酸、 色氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸）。如果可能，尽量少选择带有这类氨基酸的多肽。谷氨酰胺由于容易和肽 链形成氢键而导致多肽不可溶，所以具有多个谷氨酸的多肽也要尽量避免。 半胱氨酸有利于将多肽偶联到载体蛋白上。所以应该保留多肽N端或C端的半胱氨酸，以便于载