ArrayTools使用说明.pdf

BRB-ArrayTools 使用说明 一、 下载 网址：/BRB-ArrayTools.html 二、 安装 双击图标： ，按照默认设置进行安装。 注意事项： 1. 比较基因组杂交工具：根据具体研究内容选装。 2. statconnDCOM：点“确定”弹出下载页面；下载后需要自行按照默认设置进行安装；安装 后“重启电脑” 。 三、 软件设置 “重启” 电脑后打开Excel ，出现如下界面，设置“宏” ： 图片中显示的是 OFFICE 2003 的设置，OFFICE 2007 和 2010 的设置方法为： /PowerPointSlides/LoadingAddinsInExcel2007,2010.ppt 。设置结束后，弹出 如下窗口，输入注册的 email 或密码，点击网站下方的“Guest Book”进入注册页面。 输入正确的密码后，弹出如下窗口，进行时区设置。 ArrayTools 采用英语数字格式，设置方法如下： 1. 打开“控制面板” 。 设置好后，显示如下欢迎界面，即可使用。 四、 软件总览 打开 Excel ，在“加载项”中找到ArrayTools 。 导入数据  聚类  差异筛选  分类  生存分析  数量性状分析 时间序列分析 五、 数据导入及数据预处理 每张芯片存为单独的文件，如.cel  多张芯片存为一个文件，行为基因，列为样本  选择文件  芯片平台类型：双通道还是单通道  Affymetrix 的芯片类型  数据是否已经进行过 log2 转换  指定样本的说明行  指定第一行数据  指定探针列  指定第一列数据  指定第二列数据  样本的类别描述文件  路径中不要包含中文字符  探针过滤  数据标准化  基因筛选  是否进行探针注释，此过程较慢  六、 差异表达基因筛选（SAM） 样本类别描述文件  指定样本类别字段  设定 FDR 阈值 姜伟 生物信息科学与技术学院 哈尔滨医科大学