phyml 使用手册 20120306.pdf

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2017-05-27 发布于河南
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phyml 使用手册 20120306

P h y M L – M a n u a l Version 3.0 March 6, 2012 http://www.atgc-montpellier.fr/phyml Contents 1 Citation 4 2 Availability 4 3 Authors 4 4 Overview 5 5 Installing PhyML 5 5.1 Sources and compilation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 5.2 Installing PhyML on UNIX-like systems (including Mac OS) . . . . . 6 5.3 Installing PhyML on Microsoft Windows . . . . . . . . . . . . . . . . 6 5.4 Installing the parallel version of PhyML . . . . . . . . . . . . . . . . 6 6 Program usage. 6 6.1 PHYLIP-like interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 6.1.1 Input Data sub-menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 6.1.2 Substitution model sub-menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 6.1.3 Tree searching sub-menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 6.1.4 Branch support sub-menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 6.2 Command-line interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 6.3 Parallel bootstrap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 7 Input