生态样本制备及DNA提取方法.doc

超实用干货！生态样本制备及DNA提取方法 2016-07-15?姚美玲?诺禾致源 “众里寻她千百度，蓦然回首，那人却在灯火阑珊处”苦苦追寻的她小编为您找到啦~ 今天小编要带大家共同解密常见生态样本的取样方法以及DNA提取方法，让你的生态样本制备轻松在握，不再成为你的困惑，赶紧来看看有没有你关注的生态样本类型吧！ 常见生态样本一览表 1. 普通土壤 1）?取样方法 根据研究目的确定采样范围，取样器具要事先消毒灭菌处理。采样时应去除表面浮土，使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~20cm的土层，去除可见杂质后，土壤过2mm筛网。每个样品从3个或以上采样点采集并混合，去除杂质后，每5~10g分为一份，保存于无菌离心管中，置于0℃以下运回实验室，用于抽提DNA。如不能马上实验，置于-80℃保存。 2）?提取方法 手工提取参考文献： Clegg C D, Ritz K, Griffiths B S. Direct extraction of microbial community DNA fromhumified upland soils [J]. Letters in Applied Microbiology, 1997, 25(1):30-33. 推荐试剂盒： MoBioPowerSoil?DNA Isolation Kit? 2. 根际土壤 1）取样方法 取样器具要事先消毒灭菌处理，采集20cm深的根际土壤置于50mL的无菌管里，迅速放在液氮里储存，用20目的筛子过筛，去除植物根、动物残骸以及其他杂质后分装到无菌离心管里，每管3~5g，密封后立即放于-80℃储存备用。 2）提取方法 手提方法可参考： [1] Niemi R M, Heiskanen I, Wallenius K, et al.Extraction and purification of DNA in rhizosphere soil samples for PCR-DGGEanalysis of bacterial consortia [J]. Journal of Microbiological Methods, 2001,45(3):155-165 [2] Wang J, Wu G, Li W, et al. A DNA extraction method used for evaluation of diversityof the plant rhizosphere microbial community[J]. 2013 推荐试剂盒： MoBio PowerSoil?DNA Isolation Kit 或 MoBio PowerSoil High-Throughput DNA Isolation Kit? 3. 水体 1）?取样方法 根据研究目的确定采样深度和范围，采集好的水样需要通过滤膜进行过滤，可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜，之后置于-80℃保存备用。 清亮水样：可选择小孔径的滤膜，一般选0.22μm 或0.45μm 的滤膜，过滤水样体积大于10L； 浑浊水样：过滤前静置分离悬浮颗粒，也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍，再用小孔径的滤膜进行过滤。 2）提取方法 手提DNA可参考文献： [1] Arumugam R, Chan X Y, Yin W F, et al. Metagenomic analysis of Microbial Diversity of Tropical Sea Water of Georgetown Coast, Malaysia [J]. Life Science Journal,2013, 10(3).? [2] Shi P,Jia S, Zhang X X, et al. Metagenomic insights into chlorination effects onmicrobial antibiotic resistance in drinking water [J]. Water Research, 2013,47(1): 111-120. 推荐试剂盒： PowerWater?Sterivex ? DNA Isolation Kit (MoBio, USA) ? 4. 活性污泥及海洋沉积物 1）?取样方法 活性污泥：从曝气池中取25mL 悬浮的活性污泥样本放入无RNA 酶的管中，迅速放入液氮并运送到实验室提取DNA； 地表沉积物：取距地表0-10cm 的地表沉积物，每个位点取1-2kg 的沉积物装入消毒聚乙烯塑料袋中，立刻置于0℃运到实验室进行DNA提取。 2）?提取方法 推荐试剂盒： FastDNA?Spin Kit for Soil (MP Biomedicals, USA) 或 UltraClean?M