PBS作业调度系统要点.pdf

提纲 一．PBS脚本编写使用 二．曙光Gridview作业调度中间件 PBS作业提交步骤 1. 准备 ：编写描述改作业的脚本，包括作业名，需要的资源等。 2. 提交 ：使用qsub命令将该作业提交给PBS服务器 3. 排队 ：服务器将该任务排入适当的队列 4. 调度 ：服务器检查各工作节点的状态是否符合该作业的要求，并 进行调度。 5. 执行 ：当条件满足时，作业被发给相应的执行服务器执行。程序 运行时执行服务器会收集程序的标准输出和标准错误流，等程序 结束时，将这些信息返回给用户。 6. 查询和调整 ：当作业在运行时，用户可以使用qstat进行状态查询。 用户发现作业提交错误时，可以使用qdel删除正在运行的作业。 7. 查看结果 ：使用文本编辑软件vi或者系统命令cat, less等查看输出 及错误信息显示。 PBS作业提交基本命令  在PBS系统中，用户使用 qsub 命令提交用户程序。用 户运行程序的命令及PBS环境变量设置组成PBS作业脚本， 作业脚本使用如下格式提交到PBS系统运行： qsub PBS作业脚本 qsub -N test.vasp -l nodes=4:ppn=2 -q defaults PBS作业脚本 PBS作业脚本 本质是一个SHELL脚本 注释以“#”开头  PBS运行参数，以“#PBS”开头  可以直接调用SHELL命令和系统命令 #PBS -N vasp #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime =12:00:00 #PBS -q high cd /home/test/work ./test.exe PBS运行参数 在 PBS 脚本和 qsub 命令行中均有效，qsub命令行参数的优先级更高 运行参数 说 明 向PBS系统指定作业运行的开始时间。 -a 作业开始运行的时间 作业运行时间格式为： [[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS] -A 用户名 使用不同的用户来提交作业，缺省使用当前用户名 -o 标准输出文件的路径 该参数指定标准错误输出的位置，缺省的情况下，PBS系统把标准输 -e 标准错误输出的路径 出和标准错误输出放在用户qsub命令提交作业的目录下。 标准错误输出：作业名.o作业号 标准错误输出：作业名.e作业号 路径使用如下格式标准： [节点名:]路径名 -N 作业名 指定提交的作业名 -q 目标队列 指定作业提交的目标队列，其中目标队列可以是目标队列、目标节点 名或者是目标节点上的队列。如果目标队列是一个路由队列，那 么服务器可能把作业路由到新的队列中。如果该参数没有指定， 命令qsub会把作业脚本提交到缺省的队列中。 -l 申请资源列表 该参数指定作业脚本申请的PBS系统资源列表。 申请资源列表使用如下格式： 资源名[=[数量]][,资源名[=[数量]] ，…..] 例如作业希望申请在双路节点上申请5个CPU资源的情况， 则可以在脚本中如下： #PBS –l nodes=2:pp