16srna序列分析.doc

1 6 s R N A 序 列 分 析 前言 点阵分析（dot-matrix analysis），是指将两条以上核酸或氨基酸序列分别列示于纵横坐标，在同一位置上出现相同符号并形成连线，以揭示序列中重复片段或两条序列同源性的方法。 16sRNA是原核生物核糖体小亚基上的RNA，这段RNA序列在不同的细菌中的结构、功能都具有高度保守性,完成测序后通过点阵分析可以确定其同源性比较、用于细菌的系统分类鉴定、多样性和亲缘关系分析等。 虽然相对保守，但在不同的微生物中，16sRNA基因序列还是存在差异的，一般来说，16sRNA序列越接近，菌种关系越近，同源性越大；反之，16sRNA序列差异越大，同源性越小。 而本文主要利用点阵分析的方法对不同菌种的16SrRNA基因进行局部比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找两者可能的分子亲缘关系，以及进化途径的关系，从而为生物进化的研究提供理论基础。 内容 在窗口值为50，阈值为80的情况下，对细菌（变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪土芽孢杆菌、海氏肠球菌）、古生菌（硫磺矿硫化叶菌）以及真核生物线粒体（爪哇根结线虫线粒体）16sRNA两两序列间的点阵分析如下： 1. 运动发酵单胞菌 subsp mobilis 部分的16srRNA序列 链球菌mutans16SrRNA （Streptococcus mutans 与Zymomonas mobilis subsp.mobilis）1-2 2. 霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列 链球菌mutans 16SrRNA (Streptococcus mutans与Viibrio cholerae)1-3 3. 嗜热脂肪土芽孢杆菌 链球菌mutans 16SrRNA （Streptococcus mutans与Geobacillus srearothermophilus）1-4 4. 肠球菌种局部的16srRNA基因序列 链球菌mutans16SrRNA （Streptococcus mutans与Enterococcus hirae）1-5 5. 爪哇根结线虫线粒体 链球菌mutans16SrRNA （Streptococcus mutans与mitochonddrion meloidogyne javanica）1-m 6. 硫磺矿硫化叶菌 链球菌mutans16SrRNA （Streptococcus mutans与Sulfolobus solfataricus）1-s 7. 硫磺矿硫化叶菌 爪哇根结线虫线粒体 (mitochonddrion meloidogyne javanica与Sulfolobus solfataricus)m-s 结果 变形链球菌-远动发酵单胞菌： 变形链球菌129~190、580~640、710~770处的碱基分别于运动发酵单胞菌180~255、630~705、800~860处的碱基大致相同；相似性较高，亲缘关系较近，分子进化关系较近； 变形链球菌-霍乱弧菌：相似性一般，亲缘关系一般，分子进化关系一般；有相似序列如变形链球菌160左右、600~641处的碱基分别与霍乱弧菌217左右、649~679处的碱基大致相同；此部分序列可能对基本生命活动来说不可缺少或者有相似的功能。 变形链球菌-嗜热脂肪土芽孢杆菌：相似性较高，亲缘关系较近，分子进化关系较近；此部分序列有明显的相似序列如变形链球菌129~193、340~380、740~810处的碱基分别与嗜热脂肪土芽孢杆菌180~259、390~431、835~905处的碱基大致相同；有几处直线断裂，说明进化过程中可能有碱基的突变或者小片段染色体的缺失。 变形链球菌-海氏肠球菌：相似性很高，亲缘关系很近，分子进化关系很近；有极明显的相似序列如变形链球菌160~225、331~375、480~540、670~825处的碱基与海氏肠球菌299~365、440~481、577~635、780~930处的碱基大致相同，除此之外别的地方还有零星的相似片段；有几处直线断裂，说明进化过程中可能有碱基的突变或者小片段染色体的缺失。 变形链球菌-爪哇根结线虫线粒体：相似性很低，亲缘关系较远，分子进化关系较远；无明显的相似片段。 变形链球菌-硫磺矿硫化叶菌：相似性极低，亲缘关系极远，分子进化关系极远；几乎没有相似序列，。 爪哇根结线虫线粒体-硫磺矿硫化叶菌：几乎无相同或相似序列。 分析与讨论 以变形链球菌的16sRNA序列作为对比分别与其他四种细菌、一种古生菌和一种真核生物线粒体的16sRNA序列作对比，由其序列的相似性可知其同源性和进化方向。变形链