分子标记ppt课件.pptVIP

SCAR的操作过程： RAPD标记技术分析； 回收特异RAPD扩增片段； RAPD产物克隆与测序； RAPD产物特异引物设计； 特异引物引导下的PCR反应； 电泳获得SCAR标记。 2.4 简单序列重复标记 （simple sequence repeat，SSR） 真核生物基因组含有分散重复序列和串连重复序列两种类型的重复序列。根据重复序列的长度、拷贝数和位置等又将串连重复序列分为卫星DNA（基序长100－300bp）、小卫星DNA （基序长10－60bp）、 微卫星DNA（基序长1－6bp，如 CA、 CTCG ）等几种类型。 SSR根据简单重复序列外两翼的特定短序列设计引物，用来扩增重复序列本身，由于重复的长度变化极大，所以会得到不同长度的片段。如果扩增出来的某个片段与某个特定性状存在对应关系，则该片段为该性状的SSR标记。 SSR原理 ? 重复单元： 1~ 6bp,如 CA, CTCG ? 重复次数：5~ 30 次 ? 覆盖长度：10~300 bp 特点： 数量多且平均分布； 位于内含子中； 共显现遗传； 结果重复性高； 引物问题 SSR 多态性 2.5 简单重复序列间区标记 （inter-simple sequence repeat, ISSR） 进行SSR反应需要知道两侧序列以设计引物，但大多数情况下这些序列并不知道。为了解决这一问题，提出了ISSR标记。 设计出各种能与SSR序列结合的PCR引物，这些引物的3‘端或5’端加上2－4个随机核苷酸，通过PCR反应，对两个相距较近，方向相反的重复序列之间的DNA序列进行扩增。所扩增的inter SSR区域的多个条带通过聚丙烯酰胺凝胶电泳或者琼脂糖凝胶电泳得以分辩，扩增带多为显性表现。 5’锚定引物 3’锚定引物 NNNN（CA）n （CA）n NN CACACACACACA GTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGT CACACACACACACACA NN n（CA） （CA）n NNNN 3’锚定引物 5’锚定引物 3’锚定引物的PCR产物 5’锚定引物的PCR产物 2.6 表达序列标签标记 （expressed sequence tag，EST） 一个基因组的所有碱基中一般只有大约2％的碱基来组成编码蛋白质的基因，因此测序基因组已不再是一种创建基因目录的有效途径。大量的实验证明，cDNA的大规模测序才是了解基因组的先驱。 EST标记技术的原理是将mRNA反转录成cDNA并克隆到载体构建成cDNA文库后，大规模随机挑选cDNA克隆，对其5‘端或3’端进行一步法测序，一般长度为300－500bp，平均长度为360±120bp。所获得序列与基因数据库已知序列比较，从而获得对生物体生长发育、繁殖分化、遗传变异、衰老死亡等一系列生命过程认识的技术。EST标记技术也是一种相对简便和快捷鉴定大批基因表达的技术。 EST来源于一定环境下一个组织总mRNA所构建的cDNA文库。每一个EST代表一个表达基因的部分转录片段。通过对EST序列的分析，从中可以获得大量的基因表达信息。EST标记分为两大类：（1）以分子杂交为基础的EST标记，使用EST本身为探针和经过不同限制性酶酶切的基因组DNA杂交可以产生这类标记；（2）以PCR为基础的EST标记，按照EST的序列设计引物对植物基因组特殊区域进行PCR扩增能够产生此类EST标记。 EST标记