图解blast验证引物教程.PDF

图解blast 验证引物教程 以文献报道的人类的ABCG2 的引物为例 1 进入网页：/BLAST/ 2 点击Basic BLAST 中的nucleotide blast 选项 3 完成2 操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool 界面 （1）在Enter Query Sequence 栏中输入引物序列： 注：文献报道ABCG2的引物为5 -CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3 ; 5 -TGCCCATCACAACATCATCT-3 简便的做法是同时输入上下游引物。输入上下游引物系列都从5’— 3 。输入上游引物后， 加上≥20 个字母n，再输入下游引物，如下图： （2 ）在Choose Search Set 栏中： 物 Database 根据预操作基因的种属定了，本引物可选Human genomic + transcript 或Others (nr etc.)。本人倾向于选后者，觉得此库信息更多。如下图： 生m 做o c 心 . 专 o o - i b b （3 ）在Program Selection 中：选择Somewhat similar sequences (blastn)项，如下图： 秀 . 物 w 生 w w （4 ）在此界面最下面：如下图 Show results in a new window 项是显示界面的形式，可选可不选，在此我们选上了。关键 要点击Algorithm parameters 参数设置，进入参数设置界面。 4. 参数设置： （1）在General Parameters 中：Expect thresshold 期望阈值须改为 1000，大于 1000 也可以；在Word size 的下拉框将数字改为7。如下图： 物 生 （2 ）Scoring Parameters 无须修改 m （3 ）Filters and Masking 中，一般来说也没有必要改 做o c 5 ．点击最下面一栏的BLAST 按钮，如图： 心 . 专 o o - i b 秀b . 6.点击BLAST 按钮后，跳转出现如下界面： 物 w 生 w