NCBI-blast-使用教程剖析.ppt

* 2. 在同一条对角线中临近的增强点成为一个增强段。每一个增强点都赋予一个正的分值，一个增强段中相邻的两个增强点之间的不匹配区域赋予一定的负值。一个增强段对应于一段相匹配的子序列，分值最高的段被标记为init1。 FASTA算法（二） * 引入indel。把那些没有重叠(non-overlap)的增强段拼接起来(增强段的分值之和减去空位处罚)。分值最高的区域记为initn。 FASTA算法（三） * 4. 对最有可能的匹配序列进一步评分：以增强段init1所在的对角线为中心，划分出一个较狭窄的对角线带，利用S-W算法，来获得分值最高的局部比对，记作opt。 FASTA算法（四） * 决定采用initn或opt的分值，前者敏感度低但速度快。FASTA对每一个检索到的比对都提供一个统计学显著性的评估，以判断该比对的意义。 FASTA算法（五） * * 注意… FASTA对DNA序列有哪些信誉好的足球投注网站的结果要比对蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站的结果更敏感。它对数据库的每一次有哪些信誉好的足球投注网站都只有一个最佳的比对，一些有意义的比对可能被错过。 * 两个保守区域的信息 返回 * Dot matrix分析 * 用Dot matrix分析基因中的重复序列 * 使用Dotter在斑马鱼序列的contig中定位ddah基因的位置 * A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis Erik L.L. Sonnhammer and Richard Durbin Gene 167(2):GC1-10 (1995) http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotter.html * 作业 （一） 1.使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后通过blastp，有哪些信誉好的足球投注网站nr库中最相似的10个序列(只显示10个最相似的序列)。 2. 获取M25113序列，blastp有哪些信誉好的足球投注网站SwissProt 库中的相似序列。 3. 获取P03958序列，进行psi-blast有哪些信誉好的足球投注网站，看看结果和blastp有哪些信誉好的足球投注网站有什么不同。 * 4.序列U93237，blastn有哪些信誉好的足球投注网站人类的est库，看看那些位置是外显子区域。 5.通过entrez随机获取一个蛋白激酶(protein kinase)的序列（核酸序列），然后通过blastn有哪些信誉好的足球投注网站该序列的同源序列。 6.尝试使用fasta有哪些信誉好的足球投注网站一序列的同源性，看看和blast的结果有什么不同。 作业 （二） * 本章结束！ 如有问题，请联系 lsp01@ * * 分析过程（四） 8.输出格式选项保持默认值 9.点击开始有哪些信誉好的足球投注网站 * 分析过程（五） 10.查询序列的一些相关信息 在cdd库里面找到两个保守区域，点击可以进入 * 分析过程（六） 图形结果 * 分析过程（七） 匹配序列列表 * 分析过程（八） 具体匹配情况 * 为什么使用单机版的Blast？ 1.特殊的数据库要求。 2.涉及序列的隐私与价值。 3.批量处理 4.其他原因？？ 单机版的Blast使用（一） * 单机版Blast的基本操作过程 1.下载单机版的Blast程序 /blast/executables/ 目录下，下载对应的操作系统版本。 2.解压程序包(blast-2.28-ia32-linux.tar.gz) 命令是: $ tar zxvf blast-2.28-ia32-linux.tar.gz 单机版的Blast使用（二） * 下载正确的Blast程序包 blast:在本地运行的blast程序包 wwwblast:在本地服务器建立blast服务的网站 netblast:blast的客户端程序，直接链接至NCBI的BLAST服务器，使用BLAST服务，不需浏览器。 * 下载正确的Blast程序包 Blast程序包的名字上还包括了该程序包运行的硬件和操作系统环境： 硬件环境（CPU） 操作系统 sparc powerPC ia32 ia64 amd64 mips alpha linux macox solaris irix aix freebsd win32 hpux * 3.获取Blast数据库 a.直接从ncbi下载 /blast/db/ b.用Blast程序包提供的formatdb工具自己格 式化序列数据成数据库。 假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下： 单机版的Blast使用（三） * 核酸序列： $ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/