评价遗传多样性的统计方法课件.ppt

(4)有效等位基因数（Effective number of alleles, Ne） 有效等位基因数是反映群体遗传变异大小的一 个指标，其数值越接近所检测到的等位基因的绝对数，表明等位基因在群体中分布越均匀。 1、群体内基因多样性 Pi 为第i 个有效等位基因的频率 对同工酶资料而言，群体间基因多样性通常采用基因分化系数GST进行测度。 A、先计算所有群体内的基因一致性 S 是群体数 B、计算群体内平均基因多样性 2、群体间基因多样性 C、总群体的基因一致性为 Wk 是第K 个群体的比例权重 D、群体间基因多样性为 2、群体间基因多样性 基因分化系数GST GST ——基因分化系数，度量的是群体间的基因多样性 HT ——群体间的基因多样性 HS ——群体内的基因多样性 2、群体间基因多样性 Hs 是群体内期望杂合度的平均值 P为每个群体中第k个座位上的第i个等位基因的平均频率 对RFLP 而言，群体间的基因多样性为 C i 是n个序列问在位置i 的酶切位数; 2、群体间基因多样性 对DNA 序列资料而言， 基因分化的测度为 dt是群体内和群体间所有配对距离的平均值 ds 是群体内平均配对比较距离 Chakraborty （1 974 ）提出了GST 的取样方差的一个近似公式: 2、群体间基因多样性 (2)基因流 由不同繁育种群间个体的偶然交配导致的遗传交换。换句话说，基因流泛指一个种群的基因进入另一个种群（同种或不同种）的基因库，使接受者种群的基因频率发生改变。 在一个区域内亚群的基因分化系数 总群体中不同区域间的基因分化系数 2、群体间基因多样性 3、群体间遗传一致性 (1) Sneath 的遗传相似指数，其计算公式为: Xij 和Yij 分别是群体X 和群体Y 中第i 个座位上第j 个等位基因的频率; I是有关座位数;k是座位i 上的等位基因数。 由这个指数公式可以看出，具有相同等位基因频率的群体，不一定具有最大相似性指数值(I s值) ，如，群体X 和Y 在第5 个座位上基因频率相同，即Xi=Yi=0.5 ，这个数值低于某些明显不同的群体间的相似指数。这显然是不合理的，应加以改进。 (2)Nei (1972 , 1974 , 1978) 提出了遗传相似系数和遗传距离的另一种估算方法。Nei的相似系数计算公式为: Xi 和Yi 是X 群体和Y 群体第i 个等位基因的频率。 遗传距离D (Nei 将其称为标准遗传距离)是相似系数IN 的自然对数 上述标准遗传距离当IN 接近0 时其度量值高到难以置信的程度 3、群体间遗传一致性 为校正这一缺陷， Nei 还提出了最大、最小遗传距离的估算公式 Sneath 的相似指数和Nei 的相似系数及遗传距离仅适用于形态标记、血型和蛋白质(酶)标记、DNA 标记中的RFLP 及微卫星标记等情况，对于DNA 指纹图、RAPD 等标记来说，需要应用特别的方法。 3、群体间遗传一致性 谢谢大家！ 评价动物遗传多样性意义、方法及统计方法 目录 1 2 3 评价动物遗传多样性的意义 评价动物遗传多样性的统计方法 动物遗传多样性的研究方法 一、评价动物遗传多样性的意义 第一、动物的遗传多样性大小是长期进化的产物，是其生存适应和发展进化的前提。 遗传多样性越高或遗传变异越丰富，动物对环境变化的适应能力就越强 遗传变异的大小与其进化速率成正比 对遗传多样性的研究有助于探讨动物物种稀有或濒危原因及过程 1、评价动物遗传多样性的意义 第二、遗传多样性是保护动物研究的核心之一 不了解种内遗传变异的大小、时空分布及其与环境条件的关系，我们就无法采取科学有效的措施来保护人类赖以生存的动物遗传资源基因，来挽救濒于绝灭的动物，保护受到威胁的动物。 1、评价遗传多样性的意义 第三、对遗传多样性的认识是动物各分支学科重要的背景资料。 对遗传多样性的研究无疑有助于人们更清楚地认识动物多样性的起源和进化，尤其能加深人们对微观进化的认识，为动物的分类进化研究提供有益的资料，进而为动物育种和遗传改良奠定基础。 1、评价遗传多样性的意义 世界上动物遗传资源保存存在着两种倾向：⑴在多数发达国家里，随着畜牧生产体系的集约化，大量饲养的只是少数经济价值高的品种和杂交种，品种数目迅速减少；⑵在一些发展中国家，虽然有较丰富的遗传资源，但由于保种不当和盲目引进外来品种杂交，使原有的地方品种数量大大减少，这两种倾向都导致世界性的动物遗传资源危机。 2、评价动物遗传多样性的必要性 联合国发表的若干动物建少情况 2、评价动物遗传多样性的必要性 重要解决手段----开展动物品种的保存和开发利用 评价遗传多样性 动物遗传资源的危机 2、