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Database Growth Exponential growth in sequence data Not much growth in sequence size Expect exponential growth in annotation information What are we to do with all this data? Challenges of Large Databases Storage Indexing, physical layout, memory management Modeling Relational, hierarchical, semi-structured Efficiency Update, query, analysis Interpretation Visualization 二、分子生物信息数据库 一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。 二级数据库 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。 一级数据库包括： 1） 基因组数据库: 来自于基因做图； 2） 核酸和蛋白质一级结构序列数据库: 来自序列测定； 3）生物大分子（主要是蛋白质）三维空间 结构数据库：来自X-衍射和核磁共振结构测定。 二级数据库包括： 由上述三类数据库和文献资料为基础构建的数据库。 GenBank Flat file format used by GenBank Annotation, author, version, etc. Example (just the top) SWISS-PROT Defined by SWISS-PROT database Includes annotation, other info Example: 构建二次数据库 中华民族基因多样性数据库 转录因子细胞特异性数据库 Cytomer 蛋白质结构域数据库 Domain 蛋白质回环数据库 Loop 水稻矮缩病毒数据库 RDV 二硫键信息数据库 Bridge 蛋白质二硫键数据库 蛋白质回环数据库 常用分子生物信息学数据库-1 常用分子生物信息学数据库-2 常用分子生物信息学数据库-3 常用分子生物信息学数据库-4 美国国家生物技术信息中心（NCBI）成立于1988年，与美国国家图书馆同属于美国国立卫生研究所（NIH），该中心凭籍其雄厚的科研技术力量以及在生命技术方面的巨大影响，建立了一系列生物信息数据库和各种服务。下面就对NCBI下的GenBank 数据库，Entrez数据库检索系统及BLAST工具做简要介绍。 NCBI主页：/ GenBank已成为世界权威的核酸序列登记数据库，科研人员研究测定的核酸序列在正式发表之前，一般都先到GenBank注册，各类学术刊物一般也要求提供序列的GenBank登录号。目前收录在GenBank已测基因组全序列的病毒种类达几千种，而且每年高速递增。 科研工作者提交的数据是Genbank最重要的新数据来源。 Genbank依靠这些数据捐献者尽可能的来保持广泛的，必威体育精装版的、准确的数据库资源。 向GenBank提交序列主要有两种方法，Bankit和Sequin。 Bankit是基于网页提交的工具，一般少数简单的序列推荐用 Bankit来提交。 Bankit新序列的提交步骤： 1.??如下图，填入所要提交的序列长度，点击New 2、进入提交的设置页面填写 3、填写完成后，可以点击Save This Form保存到本地计算机，或者点击Validate and Continue对填写内容做验证，并做下一步。 2. Entrez信息检索系统 Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个基本的序列比对工具，以从数据库中找到与查询序列相似的序列。主页：/BLAST/ 3. BLAST 1、输入查询(query)序列 2、完成前面的递交，会一个request id，，点击“Format”后就在新页面得到结果。 * * 中华民族基因多态性数据库 水稻矮缩病毒基因组数据库 转录因子细胞特异表达数据库 七、NCBI分子生物学数据库 GenBank是NCBI维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。这些