blast简介及其应用13.12.15.ppt

* 常用的检索数据库 * Pdb 拥有三维空间结构的原子坐标的氨基酸序列库 Nr GenBank 蛋白数据库 EST Expressed sequence tags，表达序列标签数据库 STS sequence tagged sites，序列标签位点数据库 Htgs high throughput genomic sequences，高通量基因组序列 GSS genome survey sequences，基因组测定序列 Yeast 酵母基因组中基因编码的全套蛋白质 E.coli 大肠杆菌基因组中基因编码的全套蛋白质 Mito 脊椎动物线粒体的全基因组序列 Alu 搜集了灵长类动物的Alu重复序列 Swissprot 蛋白质数据库 nr数据库是合并了若干个主要的蛋白质或DNA数据库得到的。这些数据库中经常包含有相同的序列，但nr数据库只收录其中的一个序列(即使在nr数据库中出现看上去一样的序列，实际上还是具有一些细节上的区别)。 nr数据库是在要有哪些信誉好的足球投注网站现有的绝大多数序列时典型和常用的数据库。 * * 1.序列信息部分 填入查询（query）的序列 序列范围 （默认全部） 选择有哪些信誉好的足球投注网站数据库 如果接受其他参数默认设置，点击开始有哪些信誉好的足球投注网站 4.提交任务 5.查看和分析结果 * * 具体例子 以下列蛋白序列为例，进行BLAST搜素： MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADSTQA * 1.登陆NCBI的BLAST主页 /BLAST/ 界面如图所示： 分析过程 * 登陆BLAST主页 * 2.根据序列的类型，选择合适的比对分析界面程序。本例中分析的是蛋白质序列，所以单击选择Basic BLAST→Protein Blast项，进入蛋白质比对分析界面。如下图： 分析过程 * * 3.填写表单信息 在网页的Enter accession number.gi.or FASTA sequence对话框中输入待查询序列，下面Choose search set→database项中选Swissprot库（nr：NCBI所有翻译库，Refseq：专家参照库，Swissprot：欧洲蛋白质专家库，pat：专利库，pdb：蛋白质三维结构库），单击BLAST运行程序。 分析过程 * BLAST简介及其应用 Basic Local Alignment Search Tool * 实验目的 1、了解 Blast资源和功能 2、了解blast的应用 3、掌握使用blast进行序列有哪些信誉好的足球投注网站 * 生物序列的相似性 相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 * 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 生物序列的同源性 * 相似性和同源性关系 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。 * Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。 E value:在相同长度的情况