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第6讲序列分析实例概要
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对一条新的基因序列进行生物信息学的分析
前言
对从真菌A.tabescens中克隆出一个基因的全长cDNA进行生物信息的分析,预测这个未知cDNA的功能.
目前因特网上有许多生物学信息库,采用不同的算法,对生物学数据进行从序列水平到结构层次,进而到功能的多种分析。本章的分析主要利用这些数据库和相关软件完成。
材料和仪器
(1)生物技术实验室从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098克隆出一个全长cDNA(命名为man)
(2)可以连接国际互联网的计算机
核酸序列的基本分析
运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit(版本)软件对man做酶切谱分析。
碱基同源性分析
运用NCBI信息库的BLAST程序对man进行碱基同源性分析(Translated query tien database(blastx))
网站如下: HYPERLINK /BLAST/ /BLAST/
参数选择:Translated query-protein database [blastx]; nr;stander1
开放性阅读框(ORF)分析
利用NCBI的ORF Finder程序对man做开放性阅读框分析,网址如下:
HYPERLINK /projects/gorf/orfig.cgi /projects/gorf/orfig.cgi
参数选择:Genetic Codes:1 Standard
对蛋白质序列的结构功能域分析
运用简单模块构架有哪些信誉好的足球投注网站工具(Simple Modular Architecture Research Tool,SMART)对manORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立,其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。[12]
网址如下:
HYPERLINK http://smart.embl-heidelberg.de/ http://smart.embl-heidelberg.de/
运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析
参数选择:Search Database:CDD v2.07-11937PSSMs
Expect:0.01
Filter:Low complexity
Search mode:multiple hits 1-pass
同源物种分析
用DNAMAN软件将蛋白质序列与GHF5的?-甘露聚糖酶序列和GHF6的?-甘露聚糖酶序列序列比对,根据结果绘出系统进化树,并进行分析。
蛋白质一级序列的基本分析
运用BioEdit(版本)软件对man ORF翻译的蛋白的一些基本性质,对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。
二级结构和功能分析
信号肽预测
利用丹麦科技大学(DTU)的CBS服务器蛋白质序列的信号肽(signal peptide)预测,进入Prediction Serves 页面。
网址如下:
HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
参数选择:
Eukaryotes;Both;GIF (inline);Standard;
疏水性分析
利用瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics, SIB)的ExPASy服务器上的ProtScale程序[13]对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析
网址如下:
HYPERLINK /cgi-bin/protscale.pl /cgi-bin/protscale.pl
参数选择:
蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 的分析
利用美国哥伦比亚大学(Columbia University)的PredictProtein服务器(PHD)[14]对ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式获得蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 分析的结果。
网址如下:
HYPERLINK /pp/submit_def.html /pp/submit_def.html
磷酸化位点分析
磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式,利用丹麦科技大学(DTU)的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序[15]
做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法,对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测,
网址如下:
HYPERLINK http:
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