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如何使用DnaSP v5 （Librado et al. ，2009 ）计算核苷酸多
样性和单倍型多样性
熊荣川
中国科学院成都生物研究所
xiongrongchuan@126.com
再进行种群遗传学或是谱系地理学方面的研究时，我们都会用到核苷酸多样性 （π）和单倍
型多样性（Hd）。
下面简单介绍怎样用软件DnaSP v5 （Librado et al. ，2009 ）得到相关的信息
首先我们需要一个比对好的fasta 文件，例如taiwan30aln.fas
打开DnaSP v5
打开文件“taiwan30aln.fas ”出现一个数据信息框，或者说软件赋予你的数据的一些默认信
息
比如它会默认你的数据是来自常染色体的核基因、是二倍体型，因此我们常常需要对之进行
修改以符合我们数据的实际情况，关掉这个信息框之后使用“data ”- “format ”选项卡进
行修改
修改好之后，进行DNA 多态性分析“Analysis ”- “DNA Polymorphism”
结果中包含了我们需要的核苷酸多样性（Pi）和单倍型多样性（Hd），当然了还有很多相关
的信息，have a fun ！
参考文献
Librado P.,Rozas J. 2009. DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA
polymorphism data. Bioinformatics, 25: 1451-1452.
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