使用GenGIS、Mothur根据地图、物种分布树.pptx

使用GenGIS构建地理、物种分布图;需要4个文件： 1）site.csv 2）map.shp 3）Sequence.csv 4）tree;1. Site文件;2. Map文件;3. Sequence文件;4.Tree文件;#以下内容在Rstudio中运行： setwd(C:/GenGISDATA/example) x - read.csv(file = siteandSpRatio.csv, header=T) x # y - read.csv(file=rowNamesSite.csv,header=T) # rownames(x) - paste(AD, 1:33, sep=) rownames(x) - c(AD1, AD2, AD3, E1, E2, E3, K1, K2, K3, Y1, Y2, Y3, dx1, dx2, dx3, JX1, JX2, JX3, PY1, PY2, PY3, NY1, NY2, NY3, CZ1, CZ2, CZ3, SF1, SF2, SF3, JZ1, JZ2, JZ3) d - dist(scale(x)) #dist()中默认参数method = euclidean, hc5 - hclust(d, average) #UPGMA法 plot(hc5, hang = -10) class(hc5) tree - plot(hc5, hang=-10, axes=F, ylab = , main=, ann = F) d1 - dist(scale(x), upper=T, diag=T) print(d1) class(d1) d2 - as.data.frame(as.matrix(d1)) write.csv(d2, file=dist.csv);这是得到的dist.csv文件，在A1的位置转入多少个采样点，这里为33个。;将上述dist.csv中的内容复制上表到txt中，改文件名为：abrecovery.fn.jclass.0.10.lt.dist;在mothur中输入以下命令： mothur tree.shared(phylip=abrecovery.fn.jclass.0.10.lt.dist) 之后回车。;用Mega打开的树。在Mega中，将该树另存为Newick格式文件。;用treeview软件打开的树;5 使用GenGIS做图;6 生成的地图及物种分类、聚类图;B. pachyrhizi;致谢