利用MISA工具对不同类型序列进行SSR标记位点挖掘的探讨.pdf

中国摩亏c亟强 2016，32(10)：150—156 ChineseAgriculturalScienceBulletin 利用MISA工具对不同类型序列进行 SSR标记位点挖掘的探讨 王 希 ，陈 丽 ，赵春雷 。 (中国农业科学院甜菜研究所 ／黑龙江大学农作物研究院，哈尔滨 150080； 黑龙江省普通高等学校甜菜遗传育种重点实验室，哈尔滨 150080； 中国农业科学院北方糖料作物资源与利用重点开放实验室，哈尔滨 150080) 摘 要 ：为扩大MISA工具(MIcroSAtelliteidentificationtoo1)的适用范围，本研究尝试用MISA对其他类 型的序列进行分析 ，探讨关键参数对分析结果的影响。研究收集了5种类型的甜菜序列数据，探讨了不 同类型序列适用的相关分析参数，以及不同参数对分析结果的影响。利用MISA工具分析了5种类型 的甜菜序列，其中4种来 自公共数据库，1种来 自课题组前期工作。结果表明在适当的参数下，配合适当 的序列库格式化处理 ，MISA可以应用于不同的甜菜序列类型。可分析的序列库长度上限取决于去冗 余工具的要求，并影响去冗余处理的时间和结果，重复单元长度的限定参数影响位点挖掘数量和引物设 计成功率，序列长度的分布范围不影响分析。应用参数调整后的脚本 ，从5种甜菜序列库中共挖掘出了 SSR标记位点约8000个。可知MISA的应用范围可以扩展，需要调整的关键参数包括2项：序列库的长 度上限与重复单元长度。建议序列长度在程序与硬件允许的情况下尽量长，重复单元长度根据研究 目 标调整。 关键词：分子标记 ；MISA；简单序列重复(SSR)；标记位点挖掘 中图分类号 ：S188 文献标志码 ：A 论文编号 ：casbl5100078 M iningSSRMolecularMarkerSiteswithM ISA ToolforDifferentTypesofSequences WangXi，_f．ChenLi，．ZhaoChunlei，’ (SugarBeetResearchInstituteofChineseAcademyofAgricuhuralSciences／ CropAcademy0厂HeilongjiangUniversity，Harbin150080 TheKeyLaboratoryofSugarBeetGenetwBreeding,CollegesofHeilongfiangProvince，Harbin150080； KeyLaboratory NorthSugarCropResourceandUtilization，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Harbin150080) Abstract：ThisworkaimstoextendtheapplicationrangeofMISA (MIcroSAtelliteidentificationtoo1)．The authorsadjustedimportantparametersofMISAtofindtheireffectsO1qanalysisresults，andattemptedtoapply MISA toanalyzeothersequencetypes．FivedifferenttypesofsequencesofBetavulgariswerecollectedand analyzedtofindoutappropriateparametersforeach sequencetype，andtoclarifytheeffectsofdifferent parametersonanalysisresults．Amongthefivetypesofsequences，fourwerecollectedfr