双兔傍地走,安能辨雄雌——双序列比对工具介绍.pdf

高校生物学教学研究 (电子版 )2016年3月，6 (1)-3—4 ISSN2095-1574 CN 11-9307／R bioteach．hep．com．cn 专题 DOI10．3868／j．issn2095-1574．2016．01．002 [编者按 】 2015年7一l1月期间，由教育部全国高校教师网络培训中心和 《高校生物学教学研究 (电子版)》杂志联合举办 的 02“15年全国高校 (生命科学类)微课教学比赛”成功举行。全国各高校积极组织教师参赛，共收到来自15个省 (市、自治区)的33所高校提交的76件参赛作品。相对于往年的比赛，本次的参赛作品无论在教学设计、教师的讲授和 制作水平上都有了很大提升。围绕作品的完整性、技术规范性、选题价值、教学设计与组织、教学特色、教学方法与手 段以及教学规范性等7个方面，主办方组织学科专家对参赛作品进行了评审。为进一步推动数字化教学资源的建设与应 用，促进教学模式改革，提高课程教学质量，本刊 0215年 12月期起陆续刊登部分优秀作品，以供相关院校参考借鉴。 “2015年全国高校 I生命科学类)微课教学比赛”优秀作品选登 双兔傍地走 ，安能辨雄雌 — — 双序列比对工具介绍 郑凌伶 网‘ 中山大学生命科学学院，广州，510275 《木兰诗》中有言 “雄兔脚扑朔，雌兔眼迷离；双 式讲解 ，力求使学生们在轻松的环境 中，达到最佳的 兔傍地走，安能辨我是雄雌?”相似的问题，也曾给生 学习效果，并引发学生们进行更深一步的思考。 物学家们带来困扰——当两条极为相似的氨基酸或核 苷酸序列摆在我们 眼前时，该如何分辨它们的异同? 教学 目标 幸而，随着计算机技术的发展，近年来兴起的生物信 息学为我们提供了一系列算法和工具。其 中最为关键 本微课的教学 目的，在于使学生能够充分理解双 序列比对工具中各项参数 的含义，并能对比对结果进 和基础的，就是序列 比对工具 !因此，在 “生物信息 学”这门课程的教学过程中，也将双序列 比对工具作 行准确解读 ，从而可以独立应用所有同类型工具完成 序列比对分析。 为重点内容进行讲解。 然而 ，对学生而言，充分理解和熟练应用双序列 比对工具却存在较大困难。一方面，序列 比对工具当 教学内容 中有众多参数 ，这些参数又对应着诸多概念和公式， 本微课的教学内容包括 ： 使得学生在参数选择方面往往无从下手。另一方面， 1．双序列比对相关算法介绍。 双序列比对的结果中包含大量的信息，只有准确理解 2．双序列比对实例操作。 这些信息，才能得到真正有生物学意义的结论。对于 3．双序列比对工具的参数选择。 初学者而言，无疑是个艰巨的挑战。面对这些 问题， 4．双序列比对结果的解析。 笔者试图通过轻松的微课形式 ，采用形象的类 比方法， 并利用真实的例子和实际的操作，代替枯燥抽象的公 教学切入点 通讯作者：郑凌伶，E-mail：zheng1]33@mailsysu．edu．cn． 为了调动学生的兴趣 ，并使其对于双序列 比对有 4 郑凌伶：双兔傍地走，安能辨雄雌——双序列比对工具介绍 一 个直观形象的概念 ，在教学 的过程中采用游戏的方 增加其学习兴趣 ；另一方面，在课程教学过程中及时 式切入。首先，给学生们两幅图片，让他们找出其中 总结，令学生在理解原理的基础上 ，再去体会和记忆 的差异之处。再给出两条氨基酸序列 ，同样找出差异 完整的概念 。在课程 的最后，给出所有教学相关 的参 的部分。对学生来讲，一