蛋白质结构比对.pdf

7.91 Amy Keating 蛋白质结构比对 为什么？ 探索进化关系 确认重复的基序 探索结构/ 功能之间的关系 预测功能 评价预测的结构 结构分类——多种用途 相似性结构有哪些信誉好的足球投注网站算法 动态规划程序 －适用于一维结构——还原问题 －拓扑指数不能改变 －例子：二级结构序列比对程序（SSAP ） 3D 比对/ 聚类 －二级结构或碎片的确认 －在不同结构中寻找相似性的排列 －允许拓扑指数改变，大的插入 －例子：向量比对有哪些信誉好的足球投注网站工具（VAST ） 距离矩阵 －确认基团相邻的接触模式 －比较不同结构的距离 －快速，对插入不敏感 －例子：距离比对工具（ DALI ） 单位向量 RMS －将结构映射到球向量中 －最小化球向量的差异性 －快速，对球外区域不敏感 －例子：从理论到分子模型匹配的确定（ MAHMMOTH ） SSAP －结构和序列比对程序 动态规划程序怎样？在这里使用有什么问题？ Taylor Orengo JMB (1989) 208, 1-22 SSAP －结构和序列比对程序 动态规划程序怎样？在这里使用有什么问题？ 1. 如果两个位置相似怎样 价？ 残基的类型 对溶剂的暴露程度 二级结构 与其它原子的关系 2. 两个残基是其它残基决定的，如何打分 序列依赖于重叠，但重叠依赖于序列 Taylor, W R, and CA Orengo. Protein Structure Alignment. J Mol Biol. 208, no. 1 ( July 1989): 1-22. SSAP －结构和序列比对程序 对每一对残基 （i ，j ），假设它们同等地位。它们周围的残基与其它残基的相似性如何？ 所以 dij 和 dkl 相近，s 就大 怎样来比较j 和 l 的呢？ 图引自于 Taylor, WR, and CA Orengo. Protein Structure Alignment. J Mol Biol. 208, no. 1 ( July 1989): 1-22. 答案：用j 和 l 的最优分值 s 来比较 向量从原子 K 到： ： 到 i 子 原 从 量 向 注意：该图给出了当从 i 和 k 的角度看，序列A 和序列 B 残基的是如何比对的 但，用 i 和 k 的s 来应该比对吗？