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有机化学专业硕士研究生课程 教学大纲 课程名称：药物研究中的分子识别 课程编号：0703032F19 学分：2 总学时数：40 开课学期：1 考核方式：考察（读书笔记） (4 学时) 前言 分子之间相互作用力 1.2.1 共价键 1.2.2 非共价键 分子识别中的立体化学因素 1.3.1 构像对分子识别的影响 1.3.2 构型对分子识别的影响 研究分子识别的方法 本章要求：了解和掌握分子识别过程中，分子间相互作用力、能量等的作用，了解立体化学因素对分子识别的影响，掌握分子识别的研究方法。 第二章 分子识别的计算机模拟与药物设计（4学时） 2.1 前言 2.2 分子模拟与计算方法 2.2.1 量子力学方法 2.2.2 分子力学方法 2.2.3 统计力学方法 2.2.4 神经网络方法 2.3 基于受体结构的药物分子设计 2.3.1 先导化合物优化 2.3.2 先导化合物的全新设计 2.3.3 先导化合物的三维数据库搜寻 2.4 三维定量构效关系 2.5 结语 本章要求：先导化合物的概念及重要性，掌握药分子设计的基本思路。 3.1 以核酸为靶的药物研究进展概况 3.2 反义RNA（asRNA）与反义DNA（asDNA） 3.3 三螺旋DNA的形成、结构及生物学意义 3.3.1 三螺旋DNA的结构及形成的分子机理 3.3.2 三螺旋DNA的结构、构像的表征 3.3.3 三螺旋DNA的应用 3.4 反义核苷酸的修饰 3.4.1 磷酸骨架的修饰 3.4.2 碱基的修饰 3.4.3 核糖的修饰和取代 3.4.4 多肽核酸 本章要求：了解。 DNA为靶的小分子药物研究中的分子识别（6学时） 4.1 前言 4.2 小分子药物与DNA的识别与作用方式 4.2.1 共价结合 4.2.2 非共价结合 4.3 小分子药物与DNA作用的特异性研究 4.3.1 小分子药物与DNA作用的碱基特异性 4.3.2 小分子药物与DNA作用的序列特异性 4.3.3 提高药物与DNA作用的序列特异性的方法 本章要求：了解小分子药物与DNA的识别与作用方式，掌握提高药物与DNA作用的序列特异性的方法 第五章 酶学研究中的两个重要进展与分子识别（6学时） 5.1 核酶（ribozyme） 5.1.1 ribozyme的发现 5.1.2 天然ribozyme的类型及生物功能 5.1.3 催化作用的分子机理 5.1.4 HH ribozyme的设计 5.1.5 HH ribozyme的化学修饰 5.1.6 非经典的化学键修饰ribozyme研究新进展 5.2 抗体酶（abzyme） 5.2.1 abzyme的发现 5.2.2 abzyme的分子识别基础 5.2.3 abzyme设计中的分子识别问题 本章要求：通过酶学研究中的两个重要进展与分子识别，了解和掌握化学修饰的原理和技巧。 第六章 以酶为靶的药物设计中的分子识别（6学时） 6.1 前言 6.2 HIV相关酶抑制剂的研究 6.2.1 HIV的复制机理 6.2.2 HIV逆转录酶抑制剂研究进展 6.2.3 HIV蛋白酶抑制剂设计中的分子识别 6.3 瑞粒酶（telomerase）RNA的结构识别与抑制剂的研究 6.3.2 瑞粒酶蛋白质的结构识别与抑制剂的研究 本章要求：了解和掌握以酶为靶的药物设计中的分子识别的作用。 第七章 以受体为靶的药物分子设计（4学时） 7.1 前言 7.2 受体与药物的相互作用—原理和生化基础 7.3 以受体为靶的药物分子设计 7.3.1 毒蕈碱胆碱能受体（M-R）激动剂与阿耳茨海默病（AD）的研究进展 7.3.2 血管紧张素Ⅱ（A-Ⅱ）（PAF）DNA的作用 8.3 非铂类金属抗癌配合物 8.3.1 主族金属配合物 8.3.2 过渡金属配合物 8.3.3 金属茂络合物 8.4 金属抗癌配合物的两极互补理论与多靶理论 8.4.1 两极互补理论 8.4.2 多靶理论 本章要求：了解抗癌金属配合物研究中的分子识别的理论和研究方法。 主要参考书：杨铭，药物研究中的分子识别北京医科大学，中国协和医科大学联合出版社