NGS案例应用-ThermoFisherScientific.ppt

* * Avg. amplicon size of 163 nts (merge graphic) Avg. amplicon overlap of 11 nts (mg) * No suspect and no STR profile matches in DNA database Ancestry or phenotype such as eye, hair, or skin color information can provide investigative leads to law enforcement officers * * 124 SNP位点（含90个常染色体位点和34个Y染色体位点） Pi ranges from 1x10-31 – 6x10-35 扩增长度短(平均132, 141nts,) 适合降解 DNA 推荐1ng 起始DNA 对于 43 Ken Kidd SNPs， 有99.99% 的一致性 微量、高度降解检材,复杂亲缘关系辅助鉴定 HID-Ion AmpliSeq? 身份鉴定试剂盒 Coverage % Positive Genotype Major Allele 每个SNP位点信息 样本间的比对 Y 单倍型预测 HID-Ion AmpliSeq? 身份鉴定试剂盒 因祖坟迁移事件，80余岁的事主无法确定祖坟内究竟是否是自己的祖坟。故需要做相关亲缘鉴定。但由于严重降解, 毛细管电泳技术无法得到有效的分型。故通过二代测序技术进行进一步的检测 NGS案例应用(1):高度降解检材 检材状况： 案件背景 检材状况 NGS案例应用(1):高度降解检材 牙齿检材: 参照血卡: 牙齿检材已经严重降解,无法得到有效分型,并进行下一步的鉴定 NGS案例应用(1):高度降解检材 NGS结果展示: 利用ID panel进行个体识别身份验证： 牙齿检材 对照检材 符合孟德尔规律位点 不符合孟德尔规律的位点 常染色体位点 79 90 68 11 Y染色体位点 24 34 23 1 全部位点 103 124 91 12 NGS测序结果显示，90个常染色SNP位点中，双方均出齐的位点为79个，其中有11个位点不符合孟德尔遗传规律。且Y位点有一个位点不一致，故排除坟墓中的故人是事主的生父 NGS案例应用(1):高度降解检材 最终信息 常染色体位点 Y染色体位点 共出位点 无名尸结果 74 19 93 因无相关数据库和对照样本，所以无法进行相关比对。但是可建议放入宗卷，以便将来数据库或其他参照样本可以进行对比 利用ID panel进行个体识别身份验证： CE结果显示无名尸骨高度降解： NGS案例应用(2):高度降解无名尸 鉴定莫XX和莫XX的丈夫是否为孩子A和孩子B的亲身父母。 莫XX为骨髓移植患者，且移植已多年，效果不错，考虑其血液可能表现为供体基因分型，遂要求采其口腔拭子、血拭子、指甲和头发；要求提供骨髓移植供体的血拭子；其丈夫、孩子A、孩子B的口腔拭子共8份检材，使用Identity SNP Panel 在PGM平台上检测。 同时使用Global Filer试剂盒结果作为参照. NGS案例应用(3):移植患者亲子鉴定 莫XX、莫XX丈夫、两个孩子的SNP分型符合孟德尔遗传；该结果与使用Global Filer做出来的结果完全一致。 莫XX血液与骨髓供体的SNP分型完全一致；与自身头发分型不一致。 莫XX头发、指甲的SNP分型完全一致； Samples 莫-口腔 莫丈夫-口腔 孩子B-口腔 莫-血 骨髓供体-血 孩子A-口腔 莫-头发 莫-指甲 莫-口腔 ? 67 79 88 88 81 91 91 莫丈夫-口腔 67 ? 68 65 65 68 62 62 孩子B-口腔 79 68 ? 73 73 86 82 82 莫-血 88 65 73 ? 100 76 79 79 骨髓供体-血 88 65 73 100 ? 76 79 79 孩子A-口腔 81 68 86 76 76 ? 82 82 莫-头发 91 62 82 79 79 82 ? 100 莫-指甲 91 62 82 79 79 82 100 ? NGS案例应用(3):移植患者亲子鉴定 Bone, teeth, and hair are the typical biological sources left from missing persons or remains失踪人员/无名尸体常见生物性检材： 骨头、牙齿、头发 Ion AmpliSeq? technology can streamline the mtGenome se