生物信息学复习题(陶士珩).doc

生物信息学复习题 名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile） 。 问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？ 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上NCBI维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？ 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？ 7）简述BLAST有哪些信誉好的足球投注网站的算法。 8）什么是物种的标记序列？ 9）什么是多序列比对过程的三个步骤？ 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么？ 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因？ 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源 21）TrEMBL哪两个部分PSI-BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站的5个步骤。 操作与计算题 如何获取访问号为U49845的genbank文件？解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 利用Entrez检索系统，对核酸数据有哪些信誉好的足球投注网站，输入如下信息，将获得什么结果： AF114696:AF114714[ACCN]。 3) 相比使用BLAST套件有哪些信誉好的足球投注网站数据库，BLAST2工具在结果呈现上有什么优点？ MEGA2如何将其它多序列比对格式文件转化为MEGE格式的多序列比对文件？ 什么简约信息位点Pi？ 以下软件的主要用途是什么？ RepeatMasker, CpGPlot, Splice View, Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction. 7) 为下面的序列比对确定比对得分：匹配得分= +1，失配得分= 0，空位得分= -1。 TGTACGGCTATA TC - -CGCCT –TA 8) 用UPGMA重建系统发生树，距离矩阵如下： 物种 A B C D B 9 C 8 11 D 12 15 10 E 15 18 13 5 9）画出4个物种的3棵不同的无根树.这4个物种在某位置上的核苷酸分别是T,T,C和C,为每个内部节点推断的祖先序列标出最可能的候选核苷酸，3棵可能的无根树中有几棵是一样简约的(因为他们有最小替换数)?有几棵树的替换树是2?有大于2个替换的树吗? 10）如何将所研究的蛋白质与其他相关蛋白质做结构比对。