第3讲-PC机群的搭建.ppt

* 单一文件管理 客户端： 在文件/etc/fstab当中加入两行： node0:/home /home nfs node0:/Cluster /Cluster nfs 当然，相应的要在文件/etc/hosts中给出主机node0的ip地址： 192.168.0.10 node0 这样就完成了NFS在机群系统中的设置，以后所有用户的主目录都可以设置在/home中，所有可以共享安装的软件可以放在/Cluster中。 * 单一作业管理系统 用户可以透明地从任一节点提交一项作业，作业可以调度为以批处理、交互或并行的模式运行 典型的作业管理系统 PBS（Portable Batch System） LSF（Load Sharing Facility） Condor JOSS PBS的安装 * 软件的选择与安装 OS的选择 SSI的构建 编程环境的选择 * 编程环境的选择 流行的编程软件 MPI、OpenMP MPICH的安装及配置 示例机群中构建了单一映象系统。64个节点（node0到node63）中node0共享./Cluster目录给所有其它节点。这样只需将MPICH安装在这个共享目录中即可，即整个系统中只需安装一次。 * MPICH的安装 ①MPICH是一个开放源码的软件，所以可以从网上免费获取它的源代码。用户可以直接从MPICH的主页下载必威体育精装版的软件包mpich.tar.gz，然后将它置于/Cluster目录下。 ②使用如下命令解压缩源代码： ［node0］# tar –zxf mpich.tar.gz 解压缩后会生成一个名字为mpich-1.2.4的目录。 * MPICH的安装 ③进入该目录，并执行位于该目录下configure脚本，为下一步编译源代码进行准备。该配置脚本可以接受很多的参数（Options），通过运行命令如下： ［node0］# ./configure –help 可以获取更详细的参数信息。这里只列举几个最常用的参数： -prefix：指定mpich的安装目录。 --with-device：指明所使用的通信系统类型。一般情况下我们使用ch_p4，它表示通常的TCP/IP通信系统。 --with-arch：指明所使用的操作系统的类型。 运行如下命令完成前期配置： ［node0］# ./configure --prefix=/Cluster/MPICH \ --with-device=ch_p4 \ --with-arch=LINUX * MPICH的安装 ④最后，先通过运行su命令转变到root用户身份，再运行如下命令完成MPICH的编译和安装: ［node0］# make ［node0］# make install 至此就完成了机群系统中MPICH的安装。 * MPICH的配置 ①第一步要进行rsh的配置，使系统中不同节点之间的rsh操作不需要密码的输入。这首先需要在每个节点的/etc/hosts文件中写入node0到node63的(主机名,IP地址)对；然后在/etc/host.equiv中写入所有的机群节点主机名，下面是node0上的这两个文件内容： ［node0］# cat /etc/hosts 192.168.0.10 node0 192.168.0.11 node1 192.168.0.12 node2 …… 192.168.0.163 node63 ［node0］# cat /etc/host.equiv node0 node1 node2 …… node63 * MPICH的配置 ②第二步要更改MPICH的节点列表文件，该文件位于/Cluster/MPICH/share目录下。这里我们使用的arch参数是LINUX，相应的列表文件为machines.LINIUX。在这个文件中要写明机群系统中所有的节点的主机名。该文件以一定的方式指明了实际执行MPI程序时进程是如何分配到各个节点上的。 以下是示例机群中的machines文件： ［node0］# cat /Cluster/MPICH/share/machines.LINUX node0 node1 node2 …… node63 * MPICH的运行 MPICH中最常用的两个命令就是mpicc和mpirun。 mpicc是一个MPI编译器，它负责将源程序编译为可执行文件，它最常用的参数是-o用来指明输出文件。 ［node0］# cd /Cluster/MPICH/examples ［node0］# ../bin/mpicc cpi.c –o cpinew mpirun则是用来执行一个编译好的MPI程序。下面是它最常用的