genemarker 软件分析微卫星不稳定性 - 华生基因.pdf

GeneMarker 软件分析微卫星不稳定性 概念 ： 微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)是指与正常组织相比，在肿瘤中某一微卫星由于重复单位 的获得或缺失而造成的微卫星长度的任何改变，出现新的微卫星等位基因现象。 近年来, 随着微卫星不稳定概念在肿瘤分子生物学中的提出, 越来越多的研究认为肿瘤的发生和发展 与微卫星不稳定密切相关, 并在其预后过程中起着重要的作用。 主要机制： ①DNA 多聚酶的滑动导致重复序列中1 个或多个碱基的错配 ②MS 同源重组导致碱基对的丢失和插入 微卫星不稳定的检测方法与判断： 微卫星不稳定性的研究方法，目前主要以PCR 技术为基础研究微卫星不稳定性改变，步骤为：①首先 需确定特定染色体上特定微卫星位点标记，并根据其序列合成特异性引物。引物序列一般可根据特定位点 直接从基因库中查询；②收集肿瘤组织及相应正常组织标本，提取基因组DNA ；③PCR 扩增；④扩增产物 的检测。⑤判断结果。 GeneMarker MSI 软件 应用 ： GeneMarker 中，通过肿瘤DNA 与正常DNA 扩增产物的峰的比对，以直方图（增加/减少）展示出不 同。在电泳图中，肿瘤样本的峰以浅红色与正常样本的峰一起显示，增加或减少的部分用红色直方图显示， 极大的方便了用户对微卫星不稳定的检测。 GeneMarker 软件MSI 应用中，用户可自定义设置，以满足分析要求。 北京华生恒业科技有限公司 联系电话：0108131 GeneMarker 技术交流群：526015547 1 Stutter Filter 用户 自定义设置 ： 设置： 用户可根据实际需求对Stutter Filter 进行设置，若Stutter 峰范围设置较小，则“不稳定”峰就会较多； 反之亦然。 低Stutter filter(Left: 60, Right: 40)与高 stutter filter (Left: 99, Right: 99). 2 MSI Score 用户自定义设置 ： 设置： MSI Score 值为肿瘤样本和参考样本的log2 比率，MSI Score 设置越小，“不稳定”峰就会越多；反之亦 然。 低 MSI Score (-2, +2) 与高MSI Score (-2, +4)