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60 Denaturing Gradient Gel
Electrophoresis (DGGE) for
Microbial Community
Analysis
1 2 3,
S. J. Green . M. B. Leigh . J. D. Neufeld *
1
Department of Oceanography, Florida State University, Tallahassee,
FL, USA
2
Institute of Arctic Biology, University of Alaska Fairbanks, Fairbanks,
AK, USA
3
Department of Biolog, University of Waterloo, Waterloo, ON, Canada
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4139
2 Procedural Comments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4144
3 Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4145
3.1 Prepare Solutions and DGGE Running Buffer [20 min] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4145
3.2 Apparatus Cleaning [10 min] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4146
3.3 Apparatus Assembly [5 min] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4146
3.4 Gel Casting with a Gradient Maker [20 min + 90 min Polymerization] . . . . . . . . 4147
3.5 Transfer of Gel Sandwiches to DGGE Apparatus [5 min] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4148
3.6 Cleaning of Wells and Sample Loading [15 min] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4149
3.7 Electrophoresis [
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