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系统进化树的制作
对比NJ法和MP法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。 以同样的方法制作 cox1序列的系统发育树 结果如下 此为树根 外群 树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。 * 打开ClustalX 进行完全比对 由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开， 所以此改用fasta格式保存并命名为cob2 选择此项可打开比对过的文件 选择邻接法（NJ法）构建系统发育树 设置Bootstrap值为100 设置Gap处理为两两删除 设置模型为Kimura-2-Parameter 此为原始的树 此为经过Bootstrap计算的树 并选择左边图标Place Root on Branch 选择NC 006081为外群 此为树根，即所有物种最近共同祖先 外群 树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。 选择最大简约法（MP法）构建系统发育树 设置Bootstrap值为100 此为原始的树 此为经过Bootstrap计算的树 并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081作为外群 此为树根 外群 树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。 此为NJ法的原始树 此为NJ法经过Bootstrap计算的树 并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081作为外群 *
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