R第一章R语言的下载及安装.ppt

library(mgcv) y - c(rep(1,10),rep(0,20),rep(1,40),rep(0,10),rep(1,40),rep(0,40)) x - 1:160 b - glm(y~x,family=binomial) par(mfrow=c(2,2)) qq.gam(b) qq.gam(b,rep=50,level=1) * R语言 课程简介 R 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross 和 Robert共同创立。 R是主要用于统计分析、绘图的语言，通过对R语言的学习，将有助于未来的生物信息领域的学习。 注意！R语言适合统计分析，不适合做文本分析，太慢！ R语言与生物信息学 生物信息学：运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。 目前R语言是生物信息学常用的统计分析与绘图软件。 课程特点与考核 特点：应用性较强 理论：R语言的基本命令 授课方式：理论讲解、实例分析及操作 课堂纪律：认真听讲、积极讨论、动手操作 参考教材 书籍 R 的官方网页拥有大量英文学习资源，百度上也拥有大量资源。 课程内容 第一章：R语言的下载及安装 第二章：R语言的向量操作 第三章：R语言的数值计算 第四章：R语言的绘图 第五章：R语言的基本统计学分析 第一章：R语言的安装及调用 §1.1 R语言的下载及安装 §1.2 R语言的界面介绍(※) §1.3 R语言的简单操作(▲) §1.1 R语言的下载及安装 首先R语言是免费的，下载地址为 / R语言界面 R语言命令提示符：在后面直接输入命令 R界面虽然支持中文，但是不建议使用中文。因为R语言为英语开发，所以不会太支持中文。 示例 下表为某中学6个同学的体重，请计算其体重均值 直接输入命令行： x1 - c(50, 49, 45, 40, 45, 46) ave-mean(x1) #结果 [1] 45.83333 学生编号 体重（kg） 学生编号 体重（kg） 1 50 4 40 2 49 5 45 3 45 6 46 注意！R的一切操作符都必须为英文格式,在中文格式下输入会出错。 如果该变量大家不想用了，想删掉，那么可以输入rm(x1); 程序说明 “#”为注释符号，一切#后面的命令均不执行，其作用是为了增强程序的可读性，方便反复使用时观看。 “-”为赋值符号，相当于“=”R语言中常用“-”，而不是“=”，c()为连接函数，其内部数据表示向量，x1-c()表示用一组数据为变量赋值。 mean表示均值函数。 简单绘图 x1 - c(20,30,40,50,21,32,54,11,22,45); x2 - c(10,15,23,45,67,42,32,12,34,21); plot(x1,x2) hist(x1) 菜单栏介绍 1、新建R脚本文件： 1）可用于输入R代码 2）直接执行代码 2、打开R脚本文件： 1）打开后缀为.R的文件 3、显示文件内容： 1）显示文件的内容，但是不可以进行编辑 4、加载(保存)工作空间： *.RData格式文件，可以保存自己电脑正在运行中的环境(数据、代码、参数……) 5、改变工作目录： 为参数、图片、文件等默认保存地址。 修改方式： 1、直接通过菜单栏进行修改。 2、setwd(“D:/space”)或者setwd(“D:\\space”)。 获取工作目录方式： getwd() R包的安装 R包是R语言的功能之根本，我们常用的函数均源于基础R包，而且R包还可以自行编写，功能强大，如果自己做出一个功能十分强大，而且适用范围广泛的R包，还可以发文章，供大家使用。 安装方法 1、命令行：install.packages(“R包名字”)，R包识别大小写，切勿写错。 2、使用快捷菜单安装： 程序包-安装程序包-选择镜像(随便选，只是下载站点)-选择安装的R包。 3、从网站下载R包，程序包-从本地zip文件安装程序包。 如果没有找到R包怎么办呢？ 这可能是由于R包不存在于默认包库中，默认库为CRAN，所以我们可以将库设置为BioCsoftware，设置位置在程序包菜单栏下面。 Windows下升级R，但不想重装packages ？ 在其他目录下安装R ，再将旧版本保留的library 目录下的文件拷贝至新版本library 目录下，然后 update.packages() ；或卸载R ，把R 装到旧的目录下，然后update.packages() 包的调用 通常情况下，R包在安装完以后不能直接调用其函数，需要使用命令 library(包名)进行调用，然后在使用其