NCBI基本功能与引物设计.pptVIP

应用BLAST进行同源序列有哪些信誉好的足球投注网站 剪切然后粘贴DNA或蛋白序列； 使用FASTA格式的序列； FASTA格式的序列以一个单行的说明开始，说明行以其开始处的一个大于号（）与序列数据区分开。说明行以下是序列数据。 简单使用访问编号：RefSeq或Genebank序号。 / DNAMAN分析序列保守区 对Gallus、Taeniopygia、Mus、Ruttus的I-FABP的CDS进行分析得到保守区序列 CODEHOP 原理 方法： http://bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/codehop.html * NCBI常用功能与引物设计 2010级博士：谢鹏 导师：邹晓庭 为何要接触NCBI？ 如何使用NCBI？ 如何设计引物？ NCBI简介 NCBI：National Center for Biotechnology Information 美国国家信息技术中心 （/） 1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库. Genebank是遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。 GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 Sub title NCBI常用功能 查找核酸/氨基酸序列 序列相似性分析 引物验证 一、查找核酸、氨基酸序列 1.以鸡FAT/CD36为例，search： 2.调整右侧检索目录，tree--list： 3.浏览信息，下载序列，并以Genebank、FASTA格式保存 点击Genebank: 氨基酸序列： Genebank核酸序列： … … FASTA格式的核酸序列： … … 二、序列相似性分析 序列相似性分析： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有DNAMAN、CLUSTAL等 Blast简介 BLAST ： “局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写，是由NCBI开发的一个基于序列相似性的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序。 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 核酸 核酸 TBlastx 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 核酸 蛋白质 Tblastn 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一有哪些信誉好的足球投注网站。 蛋白质 核酸 Blastx 蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一蛋白质数据库中的序列 蛋白质 蛋白质 Blastp 核酸序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一核酸数据库中的序列 核酸 核酸 Blastn 有哪些信誉好的足球投注网站方法 数据库 查询序列 程序名 主要的Blast程序： Blast 序列相似性分析 1.修改测序结果，剔除克隆载体序列 在测序结果中找到上下游引物对应位置，剔除引物外的多余部分 以鸽子的I-FABP片段为例： GCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACGATTAGGAAGTTAGGAGCCCACGATAATCTGAAGATCACTATTCAACAAGATGGAAACAAATTTACGGTCAAAGAATCAAGCAACTTCCGTACTATAGATATTGAATTCACTCTGGGAGTCAATTTTGACTACAGTCTCGCTGACGGAACGGAAATCTCTAGAGGATCCCCGGGTACCGAGCTCGAATTCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGC