钦州市钦南区hiv-1流行亚型及基因变异特征研 究.pdfVIP

重庆医学 2016年 9月第 45卷第26期 36O5 · 论 著 · doi：10．3969／j．issn．1671—8348．2016．26．002 钦州市钦南区HIV一1流行亚型及基因变异特征研究 沈 平 ，苏齐鉴 ，黄毅毅 ，蒋丽萍 ，张达燕 ，郭继昌 ，徐鸿庄 ，韦建立 (1．广西壮族 自治区钦州市钦南区疾病预防控制中心 535000；2．广西中医药大学附属瑞康 医院，南宁 530011) [摘要] 目的 调查流行于钦南区的HIV-1亚型种类并分析其基因变异特征。方法 抽取 100例未抗病毒治疗的 HIV-1 感染者 ，从血样 中提取病毒 RNA或前病毒 DNA，采用聚合酶链反应(PCR)扩增 HIV一1gag基 因和 pol基 因片段并测序 ，用系统 进化树分析其亚型，并计算 gag和 pol区的基 因离散率 。结果 97份血样获得 gag基 因序列或 pol基 因序列，4份血样 的gag与 po1分型不一致，其他 93份分型明确，其 中CRFOI—AE重组型、CRF07一BC重组型、CRF08一BC重组型及 G亚型分别 占76．34 (71／93)、9．68 (9／93)、12．90 (12／93)和 1．O7 (1／93)。CRF08一BC的gag基 因离散率为 0．059±0．005，高于 CRF07_BC的 0．053±0．005(PO．01)和 CRF01AE的 0．049±0．004(P0．01)。CRF01AE的 pol基 因离散率为 0．044±0．003，高于 CRF07BC的 0．035±0．004(P0．01)和 CRF08BC的0．033±0．003(P0．01)。结论 钦南区 HI 1存在至少 3种流行亚 型，其中CRFO1一AE是最主要 的亚型，不 同基 因区的变异程度有所不 同。 [关键词] HIV-1；基因，gag；基因，pol；亚型；离散率；变异 [中图分类号] Q786 [文献标识码] A [文章编号] 1671—8348(2016)26—3605—03 ‘ HIV-1subtypedistributionandgeneticvariationinQinzhouSouthdistrictofQinzhoucity ShenPing ，S Qijian2A，HuangYiyi，JiangLiping ，ZhangDayan ，GuoJichang ，X “Hongzhuang ，耽 Jianli (1．QinzhouSouthDistricCenterdotDiseasePreventionandControl，Qinzhou，Guangxi535000，China； 2．AffiliatedRuikangHospitalofGuangxiUniversityofTraditionalChineseMedicine，Nanning，Guangxi530011，China) -[Abstract] 0bjective ToinvestigateHIV一1subtypescirculatinginQinzhouSouthDistrictandunderstandthefeaturesofge— neticvariationofthevirus．Methods Bloodsampleswerecollectedfrom 1OOHIV一1antiretroviraltreatment(ART)一patientsfrom QinzhouSouthDistrictofQingzhoucity．ViralRNA andproviralDNA wasextractedandamplified．Thegagandpolgenefrag— mentsofHIV-1wereamplif