一种新的用于加权网络的复合物挖掘算法 - 计算机应用研究.pdf

第３１卷第７期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．３１Ｎｏ．７ ２０１４年７月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｊｕｌ．２０１４ 一种新的用于加权网络的复合物挖掘算法 汤希玮，胡　伟，胡秋玲 （湖南第一师范学院信息科学与工程系，长沙４１０２０５） 摘　要：大部分生物过程由蛋白质复合物实现。蛋白质相互作用数据集中大量存在的假阳性降低了数据集的 可用性。为了减轻假阳性带来的不良影响，许多数据整合与亲缘打分方案被设计。这些方案通过给蛋白质网络 中的边（蛋白质之间的相互作用）指定权值，从而提高了蛋白质网络的可信度。目前的挑战是如何从加权的蛋白 质网络中挖掘新的有生物学意义的蛋白质复合物。为了解决这一问题，提出了一种新的蛋白质复合物挖掘算法 ＢＦＳＷＤ（ｂｒｅａｄｔｈｆｉｒｓｔｓｅａｒｃｈｗｉｔｈｗｅｉｇｈｔｅｄｄｅｎｓｉｔｙ）。该算法以加权密度为条件，从单个蛋白质（种子）出发，广度优 先有哪些信誉好的足球投注网站加权蛋白质网络，进而构建蛋白质复合物。实验结果表明，在蛋白质复合物挖掘方面，ＢＦＳＷＤ算法优于 其他类似的方法。 关键词：广度优先有哪些信誉好的足球投注网站；加权蛋白质相互作用网络；蛋白质复合物 中图分类号：ＴＰ３０１６　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１４）０７２０１７０４ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１４．０７．０２２ Ｎｏｖｅｌａｌｇｏｒｉｔｈｍｆｏｒｍｉｎｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｃｏｍｐｌｅｘｆｒｏｍｗｅｉｇｈｔｅｄｎｅｔｗｏｒｋ ＴＡＮＧＸｉｗｅｉ，ＨＵＷｅｉ，ＨＵＱｉｕｌｉｎｇ （Ｄｅｐｔ．ｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＳｃｉｅｎｃｅ＆Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＨｕｎａｎＦｉｒｓｔＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ４１０２０５，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｏｓｔｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓｅｓａｒｅｃａｒｒｉｅｄｏｕｔｂｙｐｒｏｔｅｉｎｃｏｍｐｌｅｘｅｓ．Ａｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｎｕｍｂｅｒｏｆｆａｌｓｅｐｏｓｉｔｉｖｅｓｏｆｔｈｅｐｒｏ ｔｅｉｎｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ（ＰＰＩ）ｄａｔａｃａｎｃｏｍｐｒｏｍｉｓｅｔｈｅｕｔｉｌｉｔｙｏｆｔｈｅｄａｔａｓｅｔｓｆｏｒｃｏｍｐｌｅｘｅｓｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ．Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｒｅｄｕｃｅ ｔｈｅｉｍｐａｃｔｏｆｓｕｃｈｄｉｓｃｒｅｐａｎｃｉｅｓ，ａｎｕｍｂｅｒｏｆｄａｔａｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎａｎｄａｆｆｉｎｉｔｙｓｃｏｒｉｎｇｓｃｈｅｍｅｓｈａｖｅｂｅｅｎｄｅｖｉｓｅｄ．Ｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓ ｅｎｈａｎｃｅｒｅｌｉａｂｉｌｉｔｉｅｓ（ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ）ｏｆｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｎｅｔｗｏｒｋｂｙｄｅｆｉｎｉｎｇａｗｅｉｇｈｔｅｄｖａｌｕｅｂｅｔｗｅｅｎｅａｃｈｐａｉｒｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｔｈｅｃｈａｌ ｌｅｎｇｅｎｏｗｉｓｔｏｍｉｎｅｎｏｖｅｌａｎｄｍｅａｎｉｎｇｆｕｌｐｒｏｔｅｉｎｃｏｍｐｌｅｘｅｓｆｒｏｍｔｈｅｗｅｉｇｈｔｅｄＰＰＩｎｅｔｗｏｒｋ．Ｔｏａｄｄｒｅｓｓｔｈｉｓｐｒｏｂｌｅｍ，ｔｈｉｓｐａ ｐｅｒｐｒｏｐｏｓｅｄａｎｏｖｅｌｐｒｏｔｅｉｎｃｏｍｐｌｅｘｍｉｎｉｎｇａｌｇｏｒｉｔｈｍ（ＢＦＳＷＤ，ｂｒｅａｄｔｈｆｉｒｓｔｓｅａｒｃｈｗｉｔｈｗｅｉｇｈｔｅｄｄｅｎｓｉｔｙ）．Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅ ｗｅｉｇｈｔｅｄｄｅｎｓｉｔｙ，ＢＦＳＷＤｍｉｎｅｓｐｒｏｔｅｉｎｃｏｍｐｌｅｘｅｓｏｆｔｈｅｗｅｉｇｈｔｅｄｎｅｔｗｏｒｋｂｙｔｈｅｂｒｅａｄｔｈｆｉｒｓｔｓｅａｒｃｈａｌｇｏｒｉｔｈｍ，ｗｈｉｃｈｏｒｉｇｉ ｎａｔｅｓｆｒｏｍａｇｉｖｅｎ‘ｓｅｅｄ’ｐｒｏｔｅｉｎｕｓｅｄａｓｓｔａｒｔｉｎｇｐｏｉｎｔ．ＴｈｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｔｈａｔＢＦＳＷＤｐｅｒｆｏｒｍｓｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｂｅｔ