社区资源 - indico.ppt

* * 基于云平台的计算化学科学计算云服务社区 中国科学院超级计算中心 刘倩 2015年8月18日 主要内容 背景介绍 社区建设 社区资源 社区使用 需求分析 实验+计算 理论研究、科学实验与科学计算 相辅相成，互相独立 弥补实验手段不足，而且可以反过来指导实验，完善理论模型 科学计算方法做分子动力学模拟，研究化学反应机理、解释反应现象等 计算化学 计算机的发展 经典力学 量子力学 分子和物质结构问题 分子力学 分子动力学 量子化学 计算化学 统计力学 Before 1900 Boltzmann 社区介绍 计算化学云服务社区介绍 降低使用门槛 提高使用效率 “助跑”计算化学用户的科学研究工作 模块划分 信息平台：新闻消息、业界动态、FAQ 计算服务平台：化学计算、实用工具、软件介绍 主要内容 背景介绍 社区建设 社区资源 社区使用 需求分析 架构设计 基础核心软件（网格中间件SCE） 资源接入与部署 开发接口 环境资源接入 计算化学 工作流 计算化学 图形化软件共享 Portal封装工具 计算化学云计算平台 计算化学云服务平台应用资源建设 计算化学云服务平台信息交流共享 社区管理规范和奖励机制 社区统一认证与单点登录 中科院超级计算环境监控 IaaS PaaS SaaS WEB服务API 功能模块 计算化学云服务社区平台 用户管理 作业管理 文件管理 资源管理 登录 退出 修改密码 HPC查询 应用查询 作业信息 状态查询 作业提交 终止作业 修改状态 作业目录 文件内容 上传文件 下载文件 社区：计算服务流程 直接计算 建模计算 作业表单 分子可视化 专家功能 软件推荐 方法推荐 结果分析 社区：页面设计 主要内容 背景介绍 社区建设 社区资源 社区使用 需求分析 社区资源 硬件资源 中科院超计算环境 软件资源 计算化学类商业软件、开源软件 自研软件、工具、脚本 直接部署：Gaussian、Gromacs、LAMMPS 、NWChem 、AMBER 、NAMD 、Molpro 、CPMD 、DL_Poly 、VASP 、Abinit 、AUTODOCK 、DOCK、GAMESS 、Tinker 、WINE2K、Xian_CI等 表单部署：Gaussian、 LAMMPS 、NWChem 、VASP ，其中Gaussian支持基本表单、高级表单和多文件模式 三层架构网格环境 自主研发中间件SCE 总中心 分中心 8家完成接入 所级中心 18家完成接入 GPU计算机群 11家完成接入 社区资源-中科院超级计算环境 主要内容 社区介绍 社区建设 社区资源 社区使用 需求分析 社区使用 upload inputfile bqueues -u username -W 5 -n N -R span[hosts=1] -q x64_dbg -o %J.out -e %J.err g03.lsf inputfile 社区使用 社区使用-功能 计算化学作业提交 多种方式输入文件生成 查看/下载文件：输入、输出 查询历史作业信息 终止排队、运算的作业 社区使用-功能 新增功能 多种方式生成Gaussian的输入文件 软件版本显示 桌面化的应用列表 主要内容 社区介绍 社区资源 社区使用 需求分析 需求分析 Gaussian续算 当前作业运行时间结束后直接续算 其他服务器计算的作业转移到社区续算 在上一次计算的基础上计算另外的性质 guess=read geom=allcheck td(nstates=10) scf=tight 非正常结束作业的错误分析 运行时间到：续算 输入文件格式问题：提示修改输入文件格式 基组、方法等参数不合理：相应的提示 需求分析 运行结果分析 优化后的结构提取 Gaussian：概要信息、谱图信息、能量信息等提取 分子结构建模 调取平台已计算的结果几何结构 建模软件建模 手动填写或者拷贝 与GridMol接入 需求分析 软件连用 A?B：A的输出结果作为B的输入 多作业提交 同一应用的批量作业提交 单纯的多个输入文件 同一几何结构、不同基组方法等参数的多输入文件 同一几何结构、不同应用的作业提交 计算化学社区网址： 免费在线用户申请 /yhfw/zhsq1/ 2015年理论与高性能计算化学国际会议 2015.9.26-9.29，青岛 / 谢谢！ * * * *