中国在翻译后修饰的生物信息学研究领域的进展与前瞻.pdf

HEREDITAS (Beijing) 2015 年*月, 37(*): 1― 综 述 中国在翻译后修饰的生物信息学研究领域的进展与前瞻 1 2 3 4 5 6 7 8 刘泽先 ，蔡煜东 ，郭雪江 ，李骜 ，李婷婷 ，邱建丁 ，任间 ，施绍萍 ， 宋江宁9 4 10 1 11 12 ，王明会 ，谢鹭 ，薛宇 ，张子丁 ，赵兴明 1. 华中科技大学生命科学与技术学院生物医学工程系，武汉 430074 ； 2. 上海大学系统生物技术研究所，上海 200444 ； 3. 南京医科大学组织胚胎学系，生殖医学国家重点实验室，南京 210029 ； 4. 中国科学技术大学信息科学与技术学院，合肥 230027 ； 5. 北京大学医学部基础医学院医学信息学系，北京 100191； 6. 南昌大学化学学院化学系，南昌 330031 ； 7. 中山大学生命科学学院，生物防治国家重点实验室，广州 510275 ； 8. 南昌大学理学院数学系，南昌 330031 ； 9. 中国科学院天津工业生物技术研究所，工业酶国家工程实验室与系统微生物工程重点实验室，天津300308 ； 10. 上海科学院，上海生物信息技术研究中心，上海 2012013 ； 11. 中国农业大学生物学院，农业生物技术国家重点实验室，北京 100193； 12. 同济大学电子与信息工程学院计算机系，上海 201804 摘要：翻译后修饰在调控蛋白质构象变化、活性以及功能方面具有重要作用，并参与了几乎所有细胞通路和过程。蛋 白质翻译后修饰的鉴定是阐明细胞内分子机理的基础。相对于劳动密集的、耗费时间的实验工作，利用各种生物信息 学方法开展翻译后修饰预测，能够提供准确、简便和快速的研究方案，并产生有价值的信息为进一步实验研究提供参 考。文章主要综述了中国生物信息学者在翻译后修饰生物信息学领域所取得的研究进展，包括修饰底物与位点预测的 计算方法学设计与完善、在线或本地化工具的设计与维护、修饰相关数据库及数据资源的构建及基于修饰蛋白质组学 数据的生物信息学分析。通过比较国内外的同类研究，发现优势和不足，并对未来的研究作出前瞻。 收稿日期: 2014- 12-31 ；修回日期: 2015-02-05 基金项目: 国家自然科学基金项目（编号61471331 ），国家重点基础研究发展规划 (973 计划)项目 （编号：2011CB910600 ）和国家高技术研究发展计划（863 计划）项目（编号：2012AA020201 ） 资助 作者简介: 刘泽先，博士，研究方向：生物信息学与计算蛋白质组学。E-mail: lzx@ 通讯作者: 薛宇，博士，教授，研究方向：生物信息学与计算蛋白质组学。E-mail: xueyu@ 2 HEREDITAS (Beijing) 2014 第36 卷 关键词：翻译后修饰；共价修饰；修饰组学；磷酸化 Post-translational modification (PTM) bioinformatics in China: progresses and perspectives 1 2 3 4 5 6 7 Zexian Liu , Yudong Cai , Xuejiang Guo , Ao Li , Tingting Li , Jianding Qiu , Jian Ren , 8 9 4 10 1