蛋白质分子对接 - 课程中心.ppt

蛋白质相互作用常用对接软件 ZDOCK: / GRAMM-X: /resources/gramm/grammx 输出值都为多个对接状态（根据能量高低排序，能量低的排名靠前）。结果可用VMD查看。 GRAMM-X的输出结果，即多个对接状态都保存在同一个PDB文件中。 该PDB文件包含多个Frames，每个Frame为一个对接状态。保存输出结 果中的某一个状态：在VMD main中选中当前的文件，右键Delete Frames，删去不要的那些状态，再右键Save Coordinates，保存唯一留下的没删的状态。 分子对接（docking）：蛋白质-蛋白质 分子对接 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 对接结果链接会发送至邮箱（不接受免费的邮箱，如hotmail，gmail等）。 / ZDOCK：全能在线对接工具 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 选择或者排除某些残基参与蛋白质相互作用。比如，从发表文献中已知LYS732是参与蛋白质相互作用的重要氨基酸，所以就要在“Select Binding Site Residues”里选中它。 * ZDOCK：全能在线对接工具 确认一下你的选择，没问题点OK。保存下面的链接，大约30分钟后到该链接所指网页收结果。 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 ZDOCK：全能在线对接工具 对接后，ZdockA.pdb（receptor）的位置没有改变，ZdockB.pdb（ligand）产生了500个可能的对接结果，点“Top 10 Predictions”可下载前十个。如果要下载更多或全部500个，需要运行下面的JAVA插件。通常前十个状态已经足够了。 JAVA插件 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 PDBePISA：蛋白质相互作用分析软件 注意：输入的复合体应为一个PDB文件，其中不同的单体表示为不同的链（chain）。 http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 PDBePISA：蛋白质相互作用分析软件 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 PDBePISA：蛋白质相互作用分析软件 相互作用面的面积大小及能量高低 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 PDBePISA：蛋白质相互作用分析软件 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 Rigid Docking 刚性对接 – 小分子总是柔性的，蛋白质上结合小分子的部位被认为是刚性的。 Flexible Docking 柔性对接 –小分子总是柔性的，蛋白质上结合小分子的部位被认为是柔性的。 6.4.4 四级结构的获取：小分子-蛋白质分子对接 分子对接（docking）：小分子化合物-蛋白质 分子对接 AutoDock：小分子化合物-蛋白质 对接软件 6.4.4 四级结构的获取：小分子-蛋白质分子对接 1. 安装Python运行环境，并设置环境变量。 2. Autodock***.exe(windows版) 双击后会解压缩产生三个文件：autodock4.exe、autogrid4.exe和cygwin1.dll，并将它们自动拷贝到C:\Windows\System32\文件夹下，安装完成。然后，DOS下可直接输入“autodock4”或“autogrid4”运行。如手动将上述三个文件拷贝到其他目录中，每次调用该命令时需要指出存放目录的路径。 3. Mgltool***.exe(windows版)：像安装一个普通的程序一样双击安装即可。 AutoDock：下载与安装（课程中心提供所有下载安装包及安装视频） 6.4.4 四级结构的获取：小分子-蛋白质分子对接 AutoDock：使用 （参考课件视频） .dlg文件 6.4.4 四级结构的获取：小分子-蛋白质分子对接 虚拟筛选，也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发现效率。 Virtual screening Library of chemical compounds 6.4.5 四级结构的获取：虚拟筛选 分子对接（docking）：虚拟筛选 Virtual screening (VS) Free! Commercial 分子对接（docking）：虚拟筛选 Virtual screening (VS) 6.4.5 四级结构的获取：虚拟筛选 虚拟筛选：化合物小分子数据库 ZINC 6.4.5 四级结构的获取：虚拟筛选 虚拟筛