无空位的BLAST比对序列片段对高记分片段对.PPT

数据库有哪些信誉好的足球投注网站相似序列 数据库使用 关键字查询、目标有哪些信誉好的足球投注网站 最流行的序列数据库快速有哪些信誉好的足球投注网站程序 BLAST  FastA 数据库有哪些信誉好的足球投注网站相似序列的意义 判断是否为新序列 功能预测与同源判定 基因的电子克隆 模式识别 BLAST算法 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)基本的局部比对有哪些信誉好的足球投注网站工具[Altschul, 1990, 1997]。 无空位的BLAST比对 序列片段对 高记分片段对(HSP) 统计显著性 允许空位的BLAST比对 最高得分片段对(MSP) BLAST算法本身很简单，它的基本要点是序列片段对（segment pair）的概念。所谓序列片段对是指两个给定序列中的一对子序列，它们的长度相等，且可以形成无空位的完全匹配。 BLAST算法首先找出代查序列和目标序列间所有匹配程度超过一定阈值的序列片段对，然后对具有一定长度的片段对根据给定的相似性阈值延伸，得到一定长度的相似性片段，称高分值片段对（high-scoring pairs, HSPs）。这就是无空位的BLAST比对算法的基础，也是BLAST输出结果的特征。 最初的BLAST程序只能用于无空位的比对。经验表明比对结果通常会出现一些无空位但不连续的区域，不难想象，有些高分值片段对可以通过一些相似性较低且有空位的片段连接起来，组成了一些更长的或许更具实际生物学意义的比对。 基于上述思路，BLAST算法经过改进允许空位插入（Altshul等，1997）。为缩短对数据库初始有哪些信誉好的足球投注网站的时间，新的算法只找出一个最好的高分值片段，并以此为基础运用动态规划方法将这一片段向两端延伸，最终产生的比对结果可能有空位插入。由于免去了查找所有高分值片段对的步骤，新的算法比原算法快3倍。对BLAST算法的进一步扩充，可以考虑双序列比对和多序列比对的有效结合 BLAST算法 BLAST算法：快速高效的保证 将查询序列分为多个短片段及相似片段； 筛选数据库以发现具备以上片段的序列； 将匹配序列进行延伸，插入和延伸gap，根据记分矩阵计分排序； 返回分值最高的匹配序列 1、BLAST 比对分数的统计学评价 期望值（Expectation value，简称E值） 分数 Bit：命中指数 BLAST是一个序列数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序家族 其中有许多特定用途的程序 /BLAST BLAST系列程序选择流程 数据库有哪些信誉好的足球投注网站相似序列 用DNA序列还是PROTEIN序列有哪些信誉好的足球投注网站 有哪些信誉好的足球投注网站程序选择 数据库选择 BLASTp BLAST 格式 BLAST 结果 BLAST 结果 (1) BLAST 结果 (2) BLAST 结果 (3) BLAST 结果 (4) BLAST 结果 (5) Mega-blast 可用于有哪些信誉好的足球投注网站近似完全的匹配, 可以处理一批核苷酸查询，比标准BLAST查询速度快 NCBI进行基因组BLAST查询时的默认程序 /BLAST PSI-BLAST 位置特定的迭代 BLAST (Position Specific Iterated BLAST) 有哪些信誉好的足球投注网站数据库以找出与查询序列同一蛋白质家族的成员 揭示亲缘关系较远的蛋白质间的关系 两条序列间的查询 许多情况下，需要比较2个序列的相似性，显然不需要传统BLAST的数据库查询 BLAST2 局部对位排列，获得结构域或序列内的复制 建议不超过150 kb,最好 1kb BLAST2 /BLAST基因组有哪些信誉好的足球投注网站 微生物基因组 微生物基因组 微生物基因组 微生物基因组 提供 BLAST的若干网站 NCBI BLAST /BLAST/ DDBJ http://www.blast.genome.ad.jp/ EMBL-EBI http://www.ebi.ac.uk/blastall/ PKU / 本地 BLAST WU-BLAST Washington University BLAST (不是NCBI-BLAST的镜像) / 实例一: 恐龙蛋DNA研究中的一场争论 恐龙蛋化石中的18s rDNA BLAST结果 18sDNA 系统树 结论 DA18s1类似于真菌 DA18s7类似于被子植物 DA18s1 、DA18s7与鸭、人、鳄鱼和其他动物的序列差异很大 鸟类与爬行类是恐龙现存的最近的物种; DA18s1/7不是真正的恐龙DNA 2、FASTA算法 FASTA（fast alignment） FastA算法是由Lipman和Pearson于1985年发表的（Lipman和Pearson，1985）。 FastA的基本思路是识别与待查序列相匹配的很短的序列片段，称为k-tuple。 FASTA算法 1、选定