4计算化学-4.从头计算法原理-1.ppt

计算化学 Gaussian程序界面和输入文件的构造 Gaussian03 程序界面 Gaussian03 图形工具栏 将.chk文件转换为.fch文件，这种 文件可以使用图形软件打开 将.fch文件还原为.chk文件 从指定.chk文件中显示作业的 route section和title 将.chk文件转换成文本格式 将以前版本的Gaussian产生的 .chk文件转换为G03的.chk文件 编辑批处理作业文件 转换不同格式的分子结构文件 读取.fch文件中的数据并生成 三维空间网格图 利用.chk文件中的分子轨道， 生成电子密度和静电势的空间 分布网格图 从.chk文件中打印出频率 和热化学数据 Gaussian 程序的输入文件 % Section(link 0) 定义计算过程中的临时文件 %chk=name.chk .chk文件在计算中记录分子几何构型，分子轨道，力常数矩阵等信息 %rwf=name.rwf .rwf文件主要在作业重起时使用，当计算量比较大时，.rwf文件通常会非常大，此时需要将之分割保存（%rwf=a,245MW,b,245MW,c,245MW,d,245MW,e,245MW,f,245MW） %int=, %d2e=name.d2e .int文件在计算过程中存储双电子积分, .d2e文件在计算过程中存储双电子积分的二阶导数 Route Section Route Section以# 开始，# 控制作业的输出 #N 正常输出；默认 (没有计算时间的信息) #P 输出更多信息。包括每一执行模块在开始和结束时与计算机系统有关的各种信息 (包括执行时间数据，以及SCF计算的收敛信息) #T 精简输出：只打印重要的信息和结果。 Route Section主要由方法，基组，任务类型三部分组成 方法与基组后续课程专门介绍 Gaussian程序能完成的任务类型： Route Section采用自由格式，大小写不敏感 同一行不同项之间可以使用空格，逗号和“/”连接； 例：#p hf/6-31g scfcyc=230 scfcon=8 #p,hf/6-31g,scfcyc=230,scfcon=8 关键词可以通过 keyword =option；keyword(option)； keyword=(option1, option2, ...)，keyword( option1, option2, ...)指定 例：#p HF/STO-3G opt #p HF/STO-3G opt=(TS,readfc) Title Section Title部分必须输入，但是程序并不执行，起标识和说明作用 Molecular Specification 作业 写出分子 H2C=C=O分子输入坐标 其中C=C: 1.35 C=O: 1.20 C-H: 1.09 写出苯分子内坐标 C=C: 1.30 C-H: 1.09 从.chk文件中提取存档 ReArchive 极化率和超极化率计算 Polar 仅作分子轨道初猜 Guess=Only 势能面扫描 Scan 仅计算布居分析 Density=CheckPoint 在指定反应途径上找能量最大值 IrcMax 计算分子体积 Volume 反应途径计算 Irc 波函数稳定性测试 Stable 振动分析 Freq 计算核的受力 Force 分子几何结构优化 Opt 动力学计算 ADMPBOMP 单点能量计算（默认任务类型） Sp Gaussian程序能完成的任务类型 Charge Multipl. 输入分子的电荷和自旋多重度 例： 电荷 多重度2s+1 H2O 0 1 H3O+ 1 1 ·NO 0 2 电荷多重度部分通常也算作分子说明 分子说明部分主要用来定义分子核相对位置 分子核相对位置可以用笛卡尔坐标，内坐标(Z-matrix)，或者是二者混合表示 笛卡尔坐标是内坐标的一种特殊形式 分