序列比对及BLAST应用.PDF

序列比对及序列比对及BLASTBLAST应用应用 目录目录  序列比对简介 序列比对的定义和意义序列比对的定义和意义 序列比对的要素  序序列比对算法 两序列两序列比对对 多序列比对 BLASTBLAST软件的使用软件的使用 软件的算法及功能简介 操作规范 序列比对简介序列比对简介 序列比对的定义和意义序列比对的定义和意义 序列比对的要素 序列比对的定义和意义序列比对的定义和意义  序列比对的定义 将两条或多条将两条或多条DNADNA 、RNARNA 或蛋白质序列排列在或蛋白质序列排列在 一起，标出其中相似的位点。  序列比对的意义 判断两条序列相似性的基本方法 推断序列间的功能推断序列间的功能、、结构和进化关系结构和进化关系 序列比对的要素序列比对的要素  评判序列差异的规则—— 打分规则 序列匹配的打分矩阵序列匹配的打分矩阵 序列空位的罚分规则  实现序列比对的算法实现序列比对的算法  评价序列比对结果统计显著性的方法 氨基酸序列的打分原则氨基酸序列的打分原则 Point Accepted Mutation Matrix BLOcks SUbstitution Matrix 尽管两个矩阵推导的过程不同， 核苷酸序列的打分规则核苷酸序列的打分规则 Hamming 距离: BLASTN 打分打分矩阵阵: States DJ, Gish W, and Altschul SF (1991) Improved sensitivity of nucleotide acid database searches using application-specific scoring matrices. METHODS: A companion to Methods in Enzymology 3:66-70. 序列比对算法序列比对算法 两序列比对序列比对 多序列比对 序列比对算法序列比对算法 两序列比对 多序列比对  动态规划算法  Needleman-Wunsch 全局序 列比对算法(1970)  渐进式算法  SSmithith-WWatterman 局部序列比局部序列比  Clustal V, W, X, ω 等算法， 对算法(1981) 依照两序列比对的结果，构 建指导树，再进行多序列比  启发式算法 对。(Higgins and Thompson, 1992, 1994, 2011)  BLAST 以种子序列为基础 的局部比对算法(Altschul et al., 1990) 动态规划算法动态规划算法  动态规划算法 将问题划分成相互独立的子问题将问题划分成相互独立的子问题 每一个子问题都找到最优解 记录录下每每一步的选择并步的选择并回溯溯所有的选择有的选择 全局比对全局比对vs. 局部比对局部比对 全局比对 局部比对  对序列整体进行的比对  对子序列进行的比对  适于相似度较高的序列