实验五蛋白质序列分析.ppt

* * * 卷曲螺旋(coiled coil)是蛋白质中由2～7条α螺旋链缠绕成麻花状结构的总称 存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分子运动、膜通道、分子识别等重要的生物功能， * 六 蛋白质卷曲螺旋域分析 典型的有亮氨酸拉链，存在7残基 重复结构（heptad repeat)，以a，b， c，d，e，f，g位置表示，其中a和d位置为疏水性氨基酸，而其他位置 残 基为亲水性 卷曲螺旋 控制蛋白质寡聚化的元件，存在于转录因子、蛋白融合多肽等 一种很简单的三级结构，容易预测 常用工具 COILS - Prediction of Coiled Coil Regions in Proteins （/software/COILS_form.html） 选择滑动窗口大小 选择打分矩阵和权重 选择输入格式，选择“SwissProtID or AC” 查询内容，输入Q9H2G9 /software/COILS_form.html * * 图形结果 * 预测为卷曲螺旋的区域 七 结构域分析 结构域（structure domain）是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。 结构域通常由25~300个氨基酸组成，不同蛋白质结构域数目或同一蛋白质结构域相似度差异较大 蛋白质序列分析 常见的结构域主要有5种： 全平行结构域 反平行结构域 α+β结构域 α/β结构域 其他折叠类型 结构域是蛋白质的功能、结构和进化单元，结构域分析对于蛋白质结构的分类和预测有着重要作用。 蛋白质序列分析 七 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 一类基因具有转录功能， 且它们所编码的蛋白质都具有Y结构域（模体），蛋白质B也具有Y结构域（模体），因而蛋白质B的功能也应该与基因转录相关。 蛋白质B 转录活性 转录活性 蛋白质模体或结构域在氨基酸序列水平比其他区域保守，通过对序列比对可以发现这些在进化上较为保守的区域； 蛋白质模体或结构域通常与该蛋白质的功能直接相关； 根据模体或结构域信息可以对同源水平较低的蛋白质的进行功能预测。 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 七 蛋白质序列分析 蛋白质家族、结构域、位点及功能分析 绿脓假单胞菌 RpsA 层粘连蛋白受体 蛋白质序列分析， 保守结构域以及功能分析 RNA结合结构域 核酸结合 七 基于同源序列的蛋白质功能预测 蛋白质A具有转录功能，蛋白质B与A在氨基酸序列上相似（直系同源），因而蛋白质B也具有转录功能。 A B 转录活性 转录活性 蛋白质A 蛋白质B 至少80个氨基酸长度范围内具有25%以上的序列一致性才提示可能的显著性意义。未知功能序列对库检索的一般分析策略如下： ①和运行Blastp程序的服务器（/blast/）连接；? ②将目的序列粘贴到序列输入框中，选择BLOSUM62记分矩阵运行BlastP程序。NCBI的BlastP程序要求输入格式为FASTA格式；? ③如果BlastP检测到了高度同源的序列，将有可能提示目的序列的生物学功能 * 七 基于同源序列的蛋白质功能预测 序列相似性比较作为一个非常有效的工具用于同源基因的发现 基于序列同源的蛋白质功能预测 基于序列同源的蛋白质功能预测 * 在uniprot数据库中检索人脂联素 (adiponectin)蛋白质序列；写出检索号。 使用在线分析平台ExPASy对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成（protparam）、和疏水性等基本性质分析（protscale）；写出分子质量是多少？氨基酸组成情况？哪个氨基酸所占比例最高？哪个最低？不稳定系数是多少？根据该系数判断，该蛋白质稳定吗？带正负电荷氨基酸个数分别是多少？疏水性分析结果如何？（截图报道图形结果，在图中标出疏水性高的位点三个，疏水性低的位点3个），并在文字结果中找到这些位点对应的的氨基酸编号和类型（格式例如6号亮氨酸）。 作 业 作 业 预测海参溶菌酶A0MT08的信号肽,并分析结果，指出信号肽位置。 预测P69332的亚细胞定位,并翻译、分析、截取最终结果，指出该蛋白质在那些位置表达。 预测P69332的跨膜区，并分析预测结果，指出哪些区域是跨膜区。 使用COILS Server对对水稻瘤矮病毒RGDV P2蛋白卷曲螺旋预测分析，指出预测为卷曲螺旋的区域。 * 作 业 利用Interproscan分析人脂联素 (adiponectin)蛋白质的结构域信息。写出该蛋白包含哪些结构域？其可能的功能是什么？ 对人脂联素 (adiponectin)蛋白质进行blast有哪些信誉好的足球投注网站，找到与其同源的蛋白（前五个