研 高级生化总结(植物).doc

氢键 是由结合于电负性比较大的原子（如N、O等）上的氢原子和另外一个电负性大的原子之间形成的比较弱的键 离子键 带正电荷基团和带负电荷基团之间形成的键NH3+OOC-CNH2NH2+OOC- 配位键是特殊的共价键，是由一个基团供出的孤对电子与另一个基团的空轨道相互作用而形成，这种键在蛋白质中比较少，一般出现于蛋白分子与辅助因子之间 疏水作用力是在极性环境中，氨基酸的疏水基团之间的聚集力 二硫键 是Cys残基的硫氢基之间通过氧化形成的共价键，这种键在蛋白分子中出现较少，但是由于它是共价键，所以在维持蛋白质分子构象中也起主要作用。分为链间二硫键和链内二硫键。 肽键平面（peptide plane）形成的原因：p－π共轭，肽键不能自由旋转结果：形成刚性平面又叫酰胺平面（amide plane） 二面角（dihedral angle）共用同一原子的两个平面间的夹角称为二面角。φ角与ψ角都为二面角,决定主肽链骨架的构象 Ramachandran构象图：Ramachandran根据非键合原子间的最小接触距离，确定了那些成对二面角所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，那些是不允许的，并且φ（横坐标）对ψ（纵坐标）所作的构象图上标出，此图常称为Ramachandran构象图 超二级结构（super secondary structure）概念：是指相邻二级结构单元按一定规律组合，形成空间上可以区别的结构单位。 1 .卷曲的卷曲α—螺旋（αα，coiled-coil α?helix），是由两股或三股右手α－螺旋缠绕形成的紧密的左手超螺旋，螺旋间靠非极性侧链基团相互作用。主要存在于α－角蛋白、肌球蛋白等纤维蛋白中。 2βXβ单元：两段平行的β?折迭借助一个二级结构单元连接组成 3.β??迂回（β-meanter）由几个相邻反平行的β－折迭互相结合，中间由短链连接形成的结构 4.回型拓扑结构（Grey Key topology） 5.β－折迭桶（β－barrel）是大的β－折迭片层发生扭曲，最后卷曲成桶状的结构，其β－折迭可以是平行的，也可以是反平行的。 6.α－螺旋－回折－α螺旋（α?helix-turn-α?helix）这是两个α螺旋经一个回折连接起来的结构，两个螺旋互呈一定的角度，这种结构在基因调节因子中常见。 结构域（doman）是指蛋白质一条多肽链上出现的紧密的、相对独立的区域。 α+β结构域这种结构域中两种二级结构单元都存在，并且二者是随机出现的。如木瓜蛋白酶结构域2、弹性蛋白酶的两个结构域等。 α/β结构域.这种结构域中两种二级结构单元都存在，但是这两种二级结构单元是有规律的交替出现。如阿拉伯糖结合蛋白结构域1、丙酮酸激酶结构域1等。 无规则卷曲结构域这种结构域中既无β－折叠，也无α－螺旋，只有无规则卷曲。如金属硫蛋白等。 β－回折结构域这种结构域中只有β－回折。 四级结构的优越性：减少遗传错误；其次可以扩大功能；节省模板；形成一定的几何构型，从而形成特殊结构蛋白质。 手性原则（handed principle）。及蛋白质从低级结构形成高级结构时要遵从右手原则。我们知道螺旋是以右手螺旋为主，平行的折迭相互连接时也是右手连接，折迭片层比较大时，要发生扭曲，扭曲的方向也是右手扭曲。 二、疏水表面积最小原则。蛋白质形成三级结构时，要使其疏水的表面积尽量达到最小，这样有利于蛋白质学细胞中的稳定。 三、自我装配原则。新合成的肽链只是线性结构，从这样的结构形成特定的空间结构，要经过精细的装配过程。现在已经知道，蛋白质的装配是自我装配，即不需要任何指令，蛋白质可以自动形成自己的空间结构。蛋白质的装配图就存在于本身的一级结构中。 ************************************************************************************* 电聚焦凝胶电泳（isoelectricfocusing , IEF） 1. 原理在凝胶中形成了pH梯度 （1）两性电解质载体（AmpholinePharmalyte）两性电解质载体为多氨基、多羧基化合物，因此具有等电点，氨基、羧基比例不同，其等电点也不同；两性电解质载体也具有缓冲作用。商品两性电解质载体是多种两性电解质载体的混合物。 SDS凝胶电泳 1. SDS（十二烷基磺酸钠，sodium dodecylsulfate） 2. 样品处理样品蛋白中加入SDS、巯基乙醇 巯基乙醇作用：打开二硫键 SDS作用：作用于亚基SO3Na极性部分非极性部分-Na+-----------------亚基的变化：电荷变化：亚基表面被SDS覆盖，全部为负电荷形状变化：任何形状蛋白均变为椭球状，短轴均为0.18nm，分子量不同其长轴不同亚基的变化：电荷变化：