生物信息数据库及生物信息分析软件应用.ppt

实验一生物信息数据库及生物信息分析软件应用 现代分子生物学大实验 实验目的 掌握生物信息学基本概念、原理及方法 应用生物信息学的一些工具进行初步的生物信息分析 运用Primer Primier 5进行引物设计 实验主要内容 分子生物学数据库：掌握数据库的种类、功能，文献查找方法 相似序列的数据库有哪些信誉好的足球投注网站：掌握NCBI中几种基本局部序列比对方法及几种单机软件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。 生物信息学单机软件介绍：Primer Primier 5 国际权威数据库 欧洲分子生物学实验室 EMBL( European Molecular Biology Laboratory ) 美国生物技术信息中心 NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 日本遗传研究所 DDBJ (DNA Data Bank of Japan ) 国际权威数据库 常用数据库 蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL (translation of EMBL) PIR (Promoter information resource) PRF （Promoter research foundation） PDBSTR （Re-organized Protein data Bank）Prosite 结构数据库 PDB (Protein Data Bank) NDB (Nucleic Acid Database) DNA-bind Protein databaseswiss-3D IMAGE 酶和代谢数据库KEGG （Kyoto Eneyclopedin of genes genemes） PKR (Protein Kinase Resource) 文献数据库PubMed OMIM Agricola NCBI相关介绍 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）。 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类和结构数据的有哪些信誉好的足球投注网站和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络有哪些信誉好的足球投注网站界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似有哪些信誉好的足球投注网站程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列有哪些信誉好的足球投注网站。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本有哪些信誉好的足球投注网站或序列相似有哪些信誉好的足球投注网站访问数据库一种可选方法。 核苷酸数据库 dbEST EST来源于mRNA－基因长度（300-400bp，数据长度足以分析编码的产物）或者全基因（已知）－5’端或3’端的cDNA序列（EST）－300-400bp single-pass sequence （可能有误，如果要求0.1%的错误率，需要测序8-10次）－GenBank中71%以上的是EST序列。 UniGene 来源于同一基因的非重复EST，组成基因序列群（contig）dbSTS （sequence tagged sites）a.短序列（200-500bp） b.已完成染色体上的定位 c.可以与电子PCR相连用 dbGSS （genome survey sequence）a.基因组短序列 b. cosmid、BAC、YAC外源插入片断末端序列 c. Alu PCR 序列 HTG （high-throughput genome sequence）尚未完成测序的重叠群（2kb） dbSNP 每100-300bp有一个SNP EPD （Eukaryotic Promoter Database） 启动子数据库 文献数据库 序列相关检索操作 序列查询 登录号（如X58