Takara Cut-Site Navigator 操作指南.PDF

Takara Cut-Site Navigator 操作指南 1. 通过浏览器打开 Takara Cut-Site Navigator 2. 在 「Sample Name」栏输入序列名称（可选项） 输入的序列名称将作为结果分析输出时的文件名。 3. 将要进行限制酶检索的序列信息输入 「Sequence」中。 选择 「Cut Paste DNA Sequence」或 「Enter your local file」，输入序列信息。 输入的序列为质粒等环状序列时，选择「Circle」；线状序列时，选择「Linear」。 可使用 N 或 R 等作为简并碱基代码。 * 例：「Cut Paste DNA Sequence」：是将序列直接输入的方法。 将序列复制粘贴在 「Sequence」栏中。 * 例：「Enter your local file」：是选择上传序列文件的输入方法。 点击 「Enter your local file」，显示文件选择窗口，在窗口中的 Local Disc 中选择相应的序列文件。 可使用的文件格式：text 格式、fasta 格式、GenBank 格式。 4. 设置检索条件 使用 「Takara Cut-Site Navigator」选择限制酶时，可以设置各种检索条件。以下 6 种检索条件供您 选择。 a) Range b) Enzyme c) Cutting Type d) Search Methylation-Sensitive Enzymes e) Recognition Sequence Length f) Frequency c)-f)为隐藏项目，需要显示所有检索条件时，请点击 「Setting Detailes」。 每项设置的详细说明如下： a) Range 此项设置可以用来指定限制酶切位点的序列检索范围。 输入序列检索范围的数字。 b) Enzyme 检索指定限制酶时，可使用此项设置，它可以用来选择一种或几种限制酶的一个或几个识别位点。 点击 「Enzyme Select」按钮 点击「Enzyme Select」后，会显示 Takara 在售的全部限制酶。 选择您所要检索限制酶左侧的复选框。 当鼠标放在限制酶名称上时，会自动显示该限制酶的酶切位点。此项功能有利于确认指定限制酶的酶 切位点。 点击所要检索的限制酶，就会自动打开该限制酶产品的网页，便于详细确认该限制酶信息。 默认设置时，检索对象为 Takara 的全部限制酶。 c) Cutting Type： 可将限制酶切口类型作为检索条件 选择一种或几种切口类型 Blunt end：平滑末端 Sticky end (5’-)：5’-突出末端 Sticky end (3’-)： 3’-突出末端。 默认设置时，包含 3 种切口类型。 d) Search Methylation-Sensitive Enzymes 如果限制酶识别序列中的碱基被甲基化，根据被甲基化碱基的种类及位置的不同，有时会发生该 DNA 切不开的现象。 使用该检索条件可以查找所选的限制酶是否受甲基化影响。 以下 3 种甲基化影响可以作为检索条件 5m 5m CpG methylase( CG) ：受 CpG methylase( CG)甲基化影响的限制酶。（例如：哺乳类基因组 DNA 甲基化解析）。 6m 6m dam methylase(G ATC) : 受 dam methylase(G ATC)甲基化影响的限制酶。（例如：大肠杆菌来 源的甲基化酶）。 5m 5m dcm methylase(C CWGG) ：受 dcm methylase(C CWGG)甲基化影响的限制酶。（例如 ：大肠杆 菌来源的甲基化酶）。 点击选择框，在结果分析中显示对碱基序列切断活性有影响的限制酶的相关信息。 以 「Enzyme List」显示结果时，下面红框部分显示受甲基化影响的限制酶识别序列信息。 以 「Sequence」显示结果时，受甲基化影响的限制酶用＊标记。 以 「Methylation-Sensitive Enzy