GaussView 5 教程 - 广州市墨灵格信息科技有限公司.PDF

广州市墨灵格信息科技有限公司 GaussView 教程 GaussView 5 教程 双铀茂络化合物的搭建 2014 年 9 月 广州市墨灵格信息科技有限公司 1 / 5 广州市墨灵格信息科技有限公司 GaussView 教程 构建分子：比以往更容易 GaussView 早已提供了强大的分子构建特性，而 GaussView 5 则大大地扩 充了这一技能。我们将示范性地介绍其中的一些特性，我们在这个小册子的封面 左下方构建了一个双铀茂络化合物（diuranium metallocene ）体系： U(II) (η8-COT) [bis(η8-cyclooctatetraene) diuranium]。这个分子具有 D 2 2 8h 对称性。Gaussian 计算预测的分子轨道也展示在封面插图上。 操作流程 1、GaussView 5 提供了一个最常用的环片段画板。然而，这里的八元环是环辛 烷（椅式构型）。我们需要一个平面的 8 碳环。我们此前已经用到这个，结构保 存在我们自定义的片断库里。从构建工具栏中选择它并在视窗中点击添加。 2、从 Element Fragments 画板中选择哑原子（dummy atom ） （原子符号 X ）： 2 / 5 广州市墨灵格信息科技有限公司 GaussView 教程 3、现在选择所有的碳原子。一个便捷方法是使用 GaussView 5 的新橡皮圈选择 模式。在视窗中，按下 R 键并拖动鼠标，生成一个与所有碳原子都接触的方框（间 右边第一幅插图）。当放开鼠标按钮，那些选择了的原子会变成黄色（如右边第 二幅插图）。 4、右键点击视窗，然后在快捷菜单中选择 Builder=Place Fragment at Centroid Selected Atoms。一个品红色的哑原子就会出现在环的中心。 5、 点击 Rebond 图标，从哑原子到 8 个碳原子添加化学键。 6、 点击 Add Valence 按钮，然后点击哑原子。氢原子将键连在哑原子上 3 / 5 广州市墨灵格信息科技有限公司 GaussView 教程 并垂直于环平面。将氢原子改成铀原子。分子现在如下图所示： 7、选择整个分子。在 GaussView 5 中完成该动作的一个快捷方式是当激活视窗 时按住A 键。然后，输入 Ctrl-C 或者 Command-C ，将它复制到粘贴板上。粘 贴板上任何一个结构都可以在自定义的片断菜单中使用。选择 Clipboard 项，然 后在适合的地方点击一下，向视图添加另一个单体。 8、按下 Alt 键来限定鼠标对新片断的活动，将它移到大致合适的位置。提示： 将第二个 U 原子放到第一个里边，会使两个相互平行的环摆放起来更容易些。 之后，将第二个片断拖离第一个。 9、添加一个长度为 2.24Å 的三键。然后将X-U-U-X 二面角调整成 180°。 10、最后一步是通过 Point Group Symmetry 对话框（在 Edit 菜单上）对分子 施加适当的对称性。我们使用点组对称性（point group symmetry ），该分子 具有