GAMESS软件使用指南.pdf

GAMESS 软件使用指南 2009 年 7 月 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 1 目录 软件使用指南1 目录2 1. 软件介绍3 2. 软件的安装与测试3 2.1 安装目录及安装信息3 2.2 测试结果3 3. 软件的运行使用方法4 2 1. 软件介绍 GAMESS 是从头计算量子化学程序。可以从 RHF，ROHF，UHF，GVB 和 MCSCF 计算波函， 其中一些使用 CI 和 MP2修正。自恰场的解析梯度用于自动几 何优化，过渡态寻找，跟踪反 应路径。能量 hessian的计算允许预测振动频率。可以计算大量的分子特性，从简单的偶极 矩到含频率超级极化率。内部储存了 大量基组和有效核势，分子中可以包含到 Ra 的所有元 素。几个图形程序用于显示最终结果。支持并行计算。 GAMESS(USA)还有三个变体。 PC-GAMESS 基于较早版本的 GAMESS(USA)，做了很多后 期开发，增加了很多GAMESS(USA)没有的功能，适用于在PC机上运行，需单 独申请；CyGamess 使用必威体育精装版版本的 GAMESS(USA)内核，在 Windows系统上编译，并加入了加简单的输入文件编 辑工具和计算控制界面；另 外还有专门为 ChemOffice 编译的计算模块 CSGAMESS，用于在 Chem3D 的界面下执行从头计算。后两个可以在申请 GAMESS(USA)后 获得。 2. 软件的安装与测试 软件信息  平台：x86_64  版本：GAMESS January 12, 2009  Licence 要求：无 2.1 安装目录及安装信息 安装目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gamess-2009.Jan.12/ 数据目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gamess-2009.Jan.12/tests/ 2.2 测试结果 m(n,n) ：表示在两个结点上各用n 个 cpu，共m 个进程 测试 1： CPU 数 wallclock CPU 加速比 3 测试 2 ： CPU 数 wallclock CPU 加速比 3. 软件的运行使用方法 1．进入用户目录，新建一个Gamess 程序临时文件夹 mkdir ~/tmp 2 ．进入数据目录，执行下面命令： /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gamess-2009.Jan.12/rungms exam01.inp log 说明：exam01.inp 是数据文件样例。 4. 作业提交 串行作业 登录到 LB 结点之后，进入到数据所在目录，用 bsub 提交作业： bsub -W MIN -n 1 -q QUEUE -e %J.err -o %J.out /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gamess-2009.Jan.12/rungms INP LOG MIN ：为作业估计的运行时间（分钟） QUEUE ：目标队列 INP ：数据文件，后缀名.inp LOG ：程序的标准输出文件 并行作业 4