不同致病力青枯雷尔氏菌的部分片段基因检测 - yzxzcom.doc

PAGE 2 生物毒素 PAGE 4 生物毒素 目 录 TOC \o 1-3 \h \z \u HYPERLINK \l _Toc323401341 新测序Bacillus gyrB、polC和rpoB基因的生物信息学分析 PAGEREF _Toc323401341 \h 1 HYPERLINK \l _Toc323401342 非致病性尖孢镰刀菌在不同氮源培养基上菌落形态及直径测定 PAGEREF _Toc323401342 \h 10 HYPERLINK \l _Toc323401343 不同致病力青枯雷尔氏菌的部分片段基因检测 PAGEREF _Toc323401343 \h 15 HYPERLINK \l _Toc323401344 致病力青枯雷尔氏菌对辣椒根系土壤微生物脂肪酸生态学特性的影响 PAGEREF _Toc323401344 \h 18 HYPERLINK \l _Toc323401345 芽胞杆菌菌体浓度的快速检测方法研究 PAGEREF _Toc323401345 \h 24 HYPERLINK \l _Toc323401346 pIC333质粒的提取及检测 PAGEREF _Toc323401346 \h 30 HYPERLINK \l _Toc323401347 FJAR-1458与钴诱变菌株的色谱行为分析 PAGEREF _Toc323401347 \h 37 HYPERLINK \l _Toc323401348 柑橘木虱成虫过冷却点及结冰点的测定(2月份) PAGEREF _Toc323401348 \h 45 PAGE 2 生物毒素 第14卷 2012 第6期 PAGE 1 新测序Bacillus gyrB、polC和rpoB基因的生物信息学分析 唐唯其，林营志，苏明星，唐建阳，刘波基金项目: 基金项目:福建省财政专项-福建省农业科学院科技创新团队建设基金(STIF-Y03) 作者简介：唐唯其，男，硕士，从事生物信息学研究。 通讯作者: 刘波，男，博士，研究员，主要从事生物技术和生物防治研究，E-mail：fzliubo@163.com。 （福建省农业科学院农业生物资源研究所，福建 福州 350003） 1引言 通过PCR克隆基因进行Sanger测序所获得的序列，需要哪些有必要的生物信息学分析？本文通过对多个芽孢杆菌菌株的gyrB、polC和rpoB基因进行举例分析，来说明分析步骤。 新获得的基因序列，首先要判断该基因是否达到全长。由于Sanger测序，单次反应所获得的序列读长一般在800 bp至1000 bp之间，可能更高一些；测序的左右两侧单碱基测序质量较低，容易发生错误；基因（PCR片段）一般从5 和3 端分别进行双向测序（2次Sanger反应），重叠之后获得目标序列。因此，如果PCR获得的测序样本是完整的基因，所测的的序列应该也是完整的，但是，由于两侧低质量碱基可能被移除，目标序列并不一定完整。此外，目标序列的长度较长（比如超过1500 bp），两侧各800 bp的片段难以重叠时，还需要对中间部分进行Sanger测序；在这种情况下，目标序列可以被打碎成小片段进行测序，最后需要将多个测序结果进行拼接，构建重叠群才能获得全长序列。 其次，需要验证测得序列是否就是目标基因。通过比对的方法，来确认所测得的序列是否就是实验设计所需要的目标序列。但是，如果目标基因及其同源物是目前数据库上从未收录的新基因，则无法通过比对来验证。 最后，将基因的核酸序列翻译成蛋白质序列，并进行注释、多序列比对，进化树构建等生物信息学分析，进一步加深对这些目标基因的了解。 2实验内容 2.1 序列比对和注释：有哪些信誉好的足球投注网站数据库 与已有的数据库进行比对，获得目标基因的同源注释，同时可用来验证目标基因，确定其是否达到全长、有没有测错等。 与数据库中所有的已知序列进行比较，可以基于在线数据库的类似BLAST的序列比对服务，或者下载数据库本地化之后进行序列比对，常用的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序有BLAST、WU-BLAST、BLAT等。 常用的公共数据库网站有NCBI、EMBL、UniProt、JGI IMG等以及各物种的注释基因组数据库，如TAIR拟南芥、Ensembl、UCSC Genome等。一般用公共数据库即可，在这些数据库中选择一个子数据库进行比对分析，如NCBI的nr、nt、refseq等，UniProt的Swiss-Prot、trEMBL以及uniref等；当只需要在本物种内进行比较时，只需注释基因组数据库中有哪些信誉好的足球投注网站同源序列即可。 获得比对结果之后，最关键的生物信息学分析是选择一个合理的参数界定匹配结果，一般设定如下标准：核酸序列一致性Identity在30%以上，要求