实用生物信息技术课程教学实例 - abc - 北京大学.pdf

网络出版时间：2015-06-26 16:39 网络出版地址：/kcms/detail/11.2396.Q1639.002.html 生物技术通报 ·特约综述· BIOTECHNOLOGY BULLETIN ( ) 2015, 31 11 :1-6 编者按 : 自2000 年起，罗静初教授在北京大学生命科学学院和中国农业科学院研究生院开设“实用生物信息技术”课程， 教学方法以上机实习为主，指导学生利用丰富的生物信息网络数据资源和软件工具，结合自己的研究课题，进行生物信息 分析。本文以血红蛋白为例，介绍常用生物信息技术与方法的具体应用，对生物信息领域科研人员具有一定参考价值。 实用生物信息技术课程教学实例 罗静初 （北京大学生命科学学院 北京大学蛋白质与植物基因研究重点实验室 北京大学生物信息中心，北京 100871） 摘 要 ： 介绍 “实用生物信息技术”研究生课程的5 个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例，介绍常用生物信息技术和 分析方法，包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast 数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站、分子系统发生树构建， 以及蛋白质结构比较分析等。 关键词 ： 生物信息技术 ；血红蛋白 ；序列比对 ；数据库检索 ；Blast 数据库有哪些信誉好的足球投注网站 ；系统发生树构建；蛋白质结构比较分析 DOI ：10.13560/ki.biotech.bull.1985.2015.07.001 Teaching Examples of Applied Bioinformatics Course Luo Jingchu （College of Life Sciences ，The State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research ，Center for Bioinformatics ， Peking University ，Beijing 100871 ） Abstract: In this article, we introduce the basic bioinformatics analysis methods and tools taking the hemoglobin as an example. The methods include ：1）protein and DNA sequence alignment ；2）advanced search for UniProt and RefSeq database ；3）Blast database similarity search ；4）phylogenetic tree construction under MEGA ；5）protein structure comparison using Swiss-PdbViewer. Key words: bioinformatics ；hemoglobin ；sequence alignment ；database query ；Blast database similarity search ；phylogenetic tree construction ；protein structure comparison 自 2000 年起，本人在北京大学和中国农业科学 本文以人、小鼠、大鼠、斑头雁、灰雁几个不 院研究生院开设“实用生物信息技术”课程 ［1］ 同物种的血红蛋白序列和结构为例，介绍这些常用 。本 课程以从事分子生物学实验研究