竹嵌纹病毒分离株五端非转译区二级结构之比较.pdf

2009 年臺灣國際科學展覽會 優勝作品專輯 編號： 070007 作品名稱 竹嵌紋病毒分離株五端非轉譯區二級結構之比較 得獎獎項 微生物學科大會獎第三名 學校名稱：臺北市立建國高級中學 作者姓名：張耀文 指導老師： 魏宏仁 關 鍵 字： 竹嵌紋病毒、衛星核酸、共同演化 作者簡介 我，張耀文，家住臺北。高一進入中央研究院高中生命科學培育計畫 ，在教 授實驗室學習研究。記得 升高二的暑假，每天進實驗室做實驗。從瞭解實驗室的 規定、基本的實驗操作到完成自己的報告，雖然在許多同學眼中是一件繁瑣的事， 我卻認為這是件很有趣的 經驗。比別人早申請到 大學，在沒有升學壓力的情況下 ， 會 全心全力投注在科展 上。 摘要 衛星核酸為次病毒分子與協助病毒不具核酸序列同源性，為了解次病毒分子 與其協助病毒之可能關係，本研究以竹嵌紋病毒 (Bamboo mosaic virus, BaMV)及 其衛星核酸 (satellite RNA, satBaMV) 為材料，探討它們之間的共同演化關係。採 自自然界的多種竹葉經萃取後，選取包括 BaMV-BO型 12 株、BaMV-BB型 11 株 及 BaMV-DL型 2 株共25種分離株進行定序、變異率、演化樹及二級結構之分析。 發現 BaMV 5’ AHSL-like 結構之序列變異率約為 5.5% ，並不像satBaMV 5’ AHSL 序列變異 性高，也就是BaMV 5’ 端相對是保守的，可能為複製所需的辨識 序列。具有satBaMV的 BaMV 分離株，其AHSL-like結構較具保守性，辨識度高 較具競爭力，經分析其 AHSL-like 二級結構之頂端為五環結構，推論此結構可能 與共同演化相關，並推測其相互影響之可能機制。 The Comparison of the Secondary Structure of the Bamboo Mosaic Virus and its satellite RNA in their 5’Untranslated Region Abstract Satellite RNA is a subviral agent which is non-homologous with its helper virus. In order to understand the possible relation between the subviral agent and its helper virus, we conduct our study by using Bamboo Mosaic Virus (BaMV) and the satellite RNA associated with BaMV (satBaMV) to recognize the co-evolution relation between them. We adapt different types of BaMV collected throughout Taiwan, including 12 types of BaMV-BO, 11 types of BaMV-BB, and 2 types of BaMV-DL to analyze their sequences, variation rates, evolution trees, and secondary structures. We discovered that the variation rates of the Apical Hairpin Stem Loop -like (AHSL-like) structure of the BaMV5’ end is approximately5.5%, instead of the high variation rates of th