一种新的rna 二级结构三维图形表示及其应用 - 生物信息学.pdf

第 １５卷 第 １期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１５ Ｎｏ．１ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１７年０３月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍａｒ． ２０１７ － ＤＯＩ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１７．０１．２０１６０８００１ 一种新的ＲＮＡ 二级结构三维图形表示及其应用 ∗ 刘立伟 ，刘铁晖 （大连交通大学理学院，辽宁 大连 １１６０２８） 摘　 要：本研究提出了一种新的ＲＮＡ 二级结构的图形表示方法，这种方法不同于以往的表示方式。 根据所提出的ＲＮＡ 二级 结构的图形表示，将对９种病毒的ＲＮＡ 二级结构进行图形表示，构建系统进化树，进行序列间相似性的比较和分析。 根据最 终结果，可以很清晰地发现，ＡＶＩＩ 与ＬＲＭＶ 两种病毒是最为相似的，另外，较大的距离值出现在了ＡＰＭＶ 与ＡＬＭＶ；ＰＤＶ 与 ＡＶＩＩ 中，这说明这几种ＲＮＡ 二级结构明显不相似。 这一研究结果与前人相似性分析的结果是十分相似的，同时，所采取的方 法更加简单易于区分观察且得到的结果又是十分可靠的，因此，这些更加证明了该方法是有效的。 关键词：ＲＮＡ 二级结构；图形表示；系统进化树；相似性 － － － 中图分类号：Ｑ５２２　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１７）０１ ０５５ ０４ Ａ ｎｅｗ３⁃Ｄ ｇｒａｐｈｉｃａｌ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ∗ ＬＩＵ Ｌｉｗｅｉ ，ＬＩＵ Ｔｉｅｈｕｉ （Ｄａｌｉａｎｊｉａｏｔｏｎｇ ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ ｓｃｉｅｎｃｅ，ＤａｌｉａｎＬｉａｏｎｉｎｇ １１６０２８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｒｅｃｅｎｔｌｙ，ｗｅ ｐｒｏｐｏｓｅ ａ ｎｅｗ ３Ｄ ｇｒａｐｈｉｃａｌ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ． Ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｉｓ ｇｒａｐｈ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ， ｗｅ ｗｉｌｌ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｏｆ ｔｈｅ ９ ｖｉｒｕｓｅｓ， ａｎｄ ｃｏｍｐａｒｅ ａｎｄ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ．Ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ ｆｉｎａｌ ｒｅｓｕｌｔｓ，ｗｅ ｃｌｅａｒｌｙ ｆｉｎｄ ｔｈａｔ Ｐａｉｒ ＡＶＩＩ ａｎｄ ＬＲＭＶ ａｒｅ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｓｉｍｉｌａｒ。 Ｉｎ ａｄｄｉｔｉｏｎ，ｔｈｅ ｌａｒｇｅｒ ｄｉｓｔａｎｃｅ ｖａｌｕｅｓ ａｐｐｅａｒ ｉｎ ｔｈｅ ＡＰＭＶ ａｎｄ ＡＬＭＶ，ＰＤＶ ａｎｄ ＡＶＩＩ，ｉｎｄｉｃａｔｉｎｇ ｔｈａｔ ｔｈｅｓｅ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｈａｓ ｏｂｖｉｏｕｓ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ． Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ａｒｅ ｖｅｒｙ ｓｉｍｉｌａｒｔｏｐｒｅｖｉｏｕｓｐｕｂｌｉｓｈｅｄｒｅｓｕｌｔｓｏｎｅ．Ａｔｔｈｅｓａｍｅｔｉｍｅ，ｔｈｅｕｓｅｄｍｅｔｈｏｄｉｓｍｏｒｅｓｉｍｐｌｅａｎｄｅａｓｙｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙ ｗｈａｔ ｗｅ ｓｅｅ，ｗｈｉｌｅ ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｓ ｖｅｒｙ ｒｅｌｉａｂｌｅ． Ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ，ｔｈｅｓｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅ ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｏｕｒ ｍｅｔｈｅｄ． Ｋｅ