cDNA 微阵列鉴定差异表达基因的可靠性分析.PDF

华北农学报 ·2 0 0 8 , 2 3 ( 3 ) : 58 cD NA 微阵列鉴定差异表达基因的可靠性分析 1 ,2 1 3 1 王冰林 ,柳 　俊 ,李媛媛 ,谢从华 ( 1. 华中农业大学 园艺植物生物学教育部重点实验室 , 国家蔬菜改良中心华中分中心 ,湖北 武汉 　430070 ; 2 . 潍坊市农业科学院 , 山东 潍坊 　261061 ;3 . 潍坊学院 生物工程学院 , 山东 潍坊 　261061) ( ) 　　摘要 :应用马铃薯晚疫病水平抗性相关的 1 009 条表达序列标签 ESTs 所制备的 cDNA 微阵列和荧光信号 Cy3 , Cy5 杂交系统 ,通过同一样品 RNA 的自身比较试验及与不同样品 RNA 的差异分析试验 ,对该技术的重复性和可靠性 进行了验证分析 。结果表明 ,在 自身比较试验中 ,芯片杂交的假阳性率仅为 0 . 79 % ,相关系数高达0981 1 ;在差异分 析试验中 , 同向标记 、正反向标记 、同一芯片内2 个重复杂交结果的相关系数分别为0966 0 ,0889 5 ,0980 2 。研究结 果证实 ,cDNA 芯片技术具有高度的可靠性 ,可以鉴定出显著差异表达基因 ,并构建高质量的基因表达数据库 ,通过 3 ( ) 次生物学重复和 2 次技术重复试验 采用正 、反向标记 即可克服绝大部分试验误差 。 关键词 :cDNA 微阵列 ;差异表达基因;可靠性 ( ) 中图分类号 :S532 . 01 　　文献标识码 :A 　　文章编号 :1000 - 7091 2008 03 - 0005 - 04 Analysis of Reliability for cD NA Microarray Technology in Identifying Differentially Expressed Genes WAN G Binglin1 ,2 ,L IU Jun1 ,L I Yuanyuan3 ,XIE Conghua1 ( 1. Key Laboratory of Horticulture Plant Biology ,Ministry of Education ,National Center for Vegetable Improvement (Central China) ,Huazhong Agricultural University ,Wuhan 　430070 ,China ; 2 . Weifang Academy of Agriculture Sciences ,Weifang 　261061 ,China ;3 . Department of Bioengineering ,Weifang Academy ,Weifang 　261061 ,China) Abstract : Selfself comparison experiment of same samples and differential analysis exper