关于进化树的一点知识收集346.docxVIP

进化树上的小数的意思：代表核苷酸/氨基酸替代率，如：0.04代表每100个核苷酸/氨基酸中有4个不同。ottolzm?(站内联系TA)首先你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题但是它没有任何意义其次我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系我再来回答你的问题进化树下面的比例尺应该是遗传标度??你建的树的比例尺显示为0.5 显然是比较大的一般的都是0.0几另外进化树中的节间数字表示的是步长值它是用来衡量你的进化树的准确性的实际意义是在你所选择初始步长值参数n(n一般为1000)的情况下设置任意自然数的随机种子值软件根据你所提供的信息建立了n棵树而节间数就是在这n次建树中有多少次这个分枝内的菌株被分到了一起(有时显示100以下数字时那是百分数如果是1000以下是那就是相应的次数了)??同时纠正你一下遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的步长值常用在鉴定菌种的进化树中而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中我很少见到两种被同时应用在同一颗进化树中另外 MEGA软件提供了更改遗传标度的方法在你建好树之后选择OPTION按钮里可以更改显示的最小遗传距离根据你选的数据建议改成0.01 比较好如果再小我估计你的进化树的左右的跨度会很大这样你放在文章里你不好看了最后建议：在建立进化树的时候不能选择Unculture 等开头的菌株(人家都无法培养有可能只是从土壤等混合样品中分离到了DNA信息而已而没有纯培养物这样的菌你觉得能作为你的标准吗？)??另外 GENEBANK的序列号只提供一个即可而且一般放在菌株的后面惟我独尊?(站内联系TA)Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 2058:首先你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题但是它没有任何意义其次我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系我再来回答你的问题进化树下面的比例尺应该是遗传标度??你建的树的 ...谢谢你的回复，我的目的是表示菌株的遗传进化关系，我是做的ＤＧＧＥ，其中单纯的数字如，１，4，２８，２９等是我割胶测序的结果，uncultured开头的是在genbank中找的最大相似序列。我想我应该选择遗传距离法，回头我改一下遗传标尺，谢谢。你说我这个没有任何意义，我不理解，我设置的n值是1000啊，可为什么会出现这种状况，除了更改标尺和更规范的标识菌名，我应该如何改进才能做出有意义的树图呢？而且，ＤＧＧＥ测序得出的是不能培养的也很正常，我该如何改进呢？boouy?(站内联系TA)MEGA5出来了啊，用最大自然法。秋电工?(站内联系TA)Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 2058:首先你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题但是它没有任何意义其次我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系我再来回答你的问题进化树下面的比例尺应该是遗传标度??你建的树的 ...lz,在做相似的东西（菌株遗传进化关系），想请问下，什么是遗传距离法？惟我独尊?(站内联系TA)Originally posted by 秋电工 at 2011-04-15 2111:lz,在做相似的东西（菌株遗传进化关系），想请问下，什么是遗传距离法？不好意思我也不是很懂，你再查查基本的理论知识吧