关于Vegan 软件包的生态学数据的排序分析(赖江山 米湘成).pdf

中国生物多样性保护与研究进展Ⅸ— 第九届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集 基于Vegan 软件包的生态学数据排序分析 赖江山 米湘成 (中国科学院植物研究所植被与环境变化国家重点实验室，北京100093) 摘要：群落学数据一般是多维数据，例如物种属性或环境因子的属性。多元统计分析是 群落生态学常用的分析方法，排序（ordination）是多元统计最常用的方法之一。CANOCO 是广泛使用的排序软件，但缺点是商业软件价格不菲，版本更新速度也很慢。近年来，R 语言以其灵活、开放、易于掌握、免费等诸多优点，在生态学和生物多样性研究领域迅速 赢得广大研究人员的青睐。R语言中的外在软件包“Vegan”是专门用于群落生态学分析的 工具。Vegan能够提供所有基本的排序方法，同时具有生成精美排序图的功能，版本更新 很快。我们认为Vegan包完全可以取代CANOCO，成为今后排序分析的首选统计工具。本文 首先简述排序的原理和类型，然后介绍Vegan的基本信息和下载安装过程，最后以古田山 24公顷样地内随机抽取40个20m ×20m的样方为例，展示Vegan包内各种常用排序方法 （PCA,RDA,CA和CCA）和排序图生成过程，希望能为R的初学者尽快熟悉并利用Vegan包进 行排序分析提供参考。 关键词：R语言，软件包,群落分析，多元统计, PCA, RDA, CA,CCA Ordination Analysis of Ecological Data Using Vegan Package in R Jiangshan Lai, Xiangcheng Mi State Key Laboratory of Vegetation and Environmental Change, Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100093 Abstract: The multidimensional data on community composition, properties of individual populations, or properties of environment are fundamental materials for vegetation science. They need to be analyzed with taking their multidimensionality into account. Multivariate statistical methods are the perfect approaches for statistical analysis of such data sets. Ordination is fundamental in multivariate statistical methods. The CANOCO is popular program for ordination analysis, however, it is commercial software with high price. R language becomes one of the most popular statistical software in the world, because of open source and free. The Vegan package in R is the statistical analysis tools for community data. It has most basic functions of ordination analysis. Most of its multivariate tools can be used for other data types as well. The 中国生物多样性保护与研究进展Ⅸ— 第九届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集 paper firstly briefly describes the basic information of Vegan pac